Wie ist der Sense-Strang definiert?
Er entspricht der mRNA und lässt sich direkt in Aminosäuren übersetzen
Welche Matrizen-Moleküle können per Sanger-Technik sequenziert werden?
Welches Produkt wurde verwendet, wenn die Sequenzierung plötzlich endet?
PCR- und Klonierungs-Produkte. Bei einem PCR Produkt endet die Sequenzierung plötzlich
Welche chemische Position des Nukleotids muss verändert werden, um aus einem dNTP ein ddNTP zu machen?
Am OH- ; Zur kettenverlängerung wird ein freies 3`OH benötigt
Wozu braucht die Sanger-Sequenzierung einen Primer?
Die DNA-Polymerase bruahct immer ein freies 3`OH, welches vom primer zur Verfügung gestellt wird. Außerdem definiert er die Region, die Sequenziert werden soll.
Warum nennt man die Sanger Sequenzioerung auch Kettenabbruch-Sequenzierung?
Durch die Mischung aus dNTPs und ddNTPs enstehen Ketten unterschiedlicher Länge. Wird ein ddNTP (Terminator) eingebaut, kommt es an dieser Stelle zum Kettenabbruch. Da die Terminatoren farbmarkiert sind, kann mitHilfe einer Gelelektrophorese das endständige Nukleotid erkannt und daraus die Sequenz (Größensortierung) angeleitet werden.
Wodurch unterscheiden sich Coronaviren ganz typisch von Retroviren wie z.B. HIV?
Beides sind RNA-Viren. HIV besitzt jedoch eine einzelsträngige RNA (2 Kopien), welche durch die reverse Transkriptase in eine doppelsträngige DNA umgewandelt wird und sich in unsere DNA einbauen kann. Die Coronaviren bleiben als + und – Strang und werden direkt translatiert
(Hankeln hat zwar + und - Strang gesagt, aber ich bin mir ziemlich sicher dass Coronaviren nur + Stränge haben)
—> Retroviren: Replikation über DNA-Zwischenstufe
Coronaviren: direkte Translation der RNA
Benutzt man für die Sequenzierung im Labor DNA oder RNA?
DNA, da diese stabiler ist. zur Umwandlung von RNA in DNA benutzt man Reverse Transkiptasen aus Retroviren.
Was sind die zwei unterschiedlichen Definitionen des ORF?
der Abschnitt der DNA/RNA der zwischen einem Startcodon und einem Stoppcodon liegt
ein Abschnitt, der keine Stoppcodons enthält -> ununterbrochenes Triplettraster
Ist der Primer im Chromatogramm sichtbar?
Nein (bei Plasmidvektor)
Bei PCR-Produkten ist der Reverse-Primer am Ende der Sequenz sichtbar
Was waren die Hauptprobleme bei der Sequenzierung der menschlichen DNA?
Der Hohe Anteil an repetitiver DNA (z.B. auch Centromer- und Telomerbereiche)
Beschreibe die Shotgun-Strategie
Aus technischen Gründen ist die Leselänge einer Sequenzierung begrenzt. Daher werden die Ausgangs-DNA-Moleküle bei der Shotgun-Strategie zufällig zerbrochen, sodass überlappende DNA-Fragmente entstehen. Die Teilsequenzen werden dann assembliert und zur Konsensus-Sequenz zusammengeführt.
Welche Zutaten benötigt man für die Sanger-Sequenzierung?
einzelsträngige Matrize, synthetischer Primer aus DNA statt RNA, DNA-Polymerase und dNTPs und ddNTPs (Didesoxynucleotide) als Bausteine.
(früher: radioaktive Markierung zur Sichtbarmachung, heute Verwendung von gefärbten ddNTPs -> dye-terminator)
Last changed2 years ago