Anhand welcher Signale können Gene erkannt werden?
GT-AG-Regel für die Erkennung von Introns
Stopp-Codons
Promotor (Bindemotive für Transkriptionsfaktoren, CpG-Inseln)
Polyadenylierungssignal am Ende des Transkripts
Aufbau von eukaryotischen und prokaryotischen Genen
Viren: Gene liegen dicht hgepackt und können überlappen
Wie funktioniert eine de Novo Genvorhersage?
In uncharakterisierten DNA-Sequenzen werden Protein-kodierende-Regionen, Exons und Introns, sowie mögliche genregulatorische Abschnitte gesucht, um daraus ein Modell für die gen-Struktur zu erstellen.
Was ist ein Ribosomal Frameshift?
Wenn ein Gen auf 2 ORFs verteilt liegt, gleitet das Ribosom zunächst zurück, bevor es zum anderen ORF übersetzt, um so das Stopp-Codon zu übergehen. Kommt z.B. bei SARS-CoV-2 vor.
Wie funktioniert ein Hidden Markov Model zur Genvorhersage?
Es werden statistische Kenntnisse zur Architektur von Genen genutzt. Es handelt sich um einen stochastischen Prozess, der nacheinander eine Reihe von Zuständen mit unterschiedlichen Wahrscheinlichkeiten durchläuft.
Ein HMM wird aus einem Trainingsdatensatz erstellt. anhand der statistischen Häufigkeiten wird beurteilt, ob eine Sequenz gut in dieses Schema passt.
Wie lautet die entscheidende Definition eines ORFs? Wie viele ORFs sind in einer DNA-Sequenz möglich?
Ein ORF wird von Stopp-Codons begrenzt. Es sind 6 ORFs möglich : 3 auf jedem DNA-Strang
Last changed2 years ago
