Wann sollte man einen Baum nicht verwurzeln?
Wenn die Außengruppe biologisch nicht sicher ist (=Kein Vorwissen vorhanden ist)
Was sollte vorliegen, wenn man aus Vergleichen Verwandtschaften rekonstruieren möchte?
Homologien
Was bedeutet UPGMA und warum ist diese Methode problematisch?
Unweighted Pair-Group Method using Arithmetic means
-> Distanz zwischen Sequenzen (A, B, C, D) wird ermittelt, Sequenzen mit geringster Distanz zueinander (-> höchste Ähnlichkeit) werden zusammengruppiert(A und B), Distanz zwischen Gruppe und restlichen Sequenzen wird ermittelt (A und B, C, D), usw.
—> es wird von einer konstanten Evolutionsrate ausgegangen, aber Mutationen treten im echten Leben nicht in allen Organismen mit derselben Frequenz auf
Wie lautet die allgemeine Vorgehensweise bei phylogenetischer Rekonstruktion?
Multiples Sequenzalignment erstellen
sequenzen vergleichen und Ähnlichkeiten bestimmen
Aus dem Ähnlichkeitsmaß Verwandtschaften rekonstruieren
Welches Prinzip wird bei Alignments angewandt?
Das Prinzip der maximalen Sparsamkeit.
Was ist die Grundlage für phylogenetische Rekonstruktion?
Alle Organismen sind miteinander verwandt und besitzen einen gemeinsamen Vorfahren.
Wie funktioniert ein progressives Alignment? Ist dies eine exakte Methode?
1. Alle Sequenzen werden paarweise miteinander verglichen und die paarweisen Differenzen berechnet.
2. Ähnliche Sequenzen werden gruppiert und anhand einer Cluster Analyse ein guide tree erstellt.
3. Nah verwandte Sequenzen werden aligniert, die ähnlichsten zuerst (Paarweise Alignments).
4. Ein sukzessives globales Alignment wird erstellt, dabei wieder die ähnlichsten Sequenzpaare zuerst.
Es handelt sich um eine heuristische Methode
-> mit begrenztem Wissen/unvollständigen Informationen und wenig Zeit möglichst wahrscheinliche Aussagen treffen
Für was benötigt man Evolutionsmodelle? Nenne ein Beispiel.
Um das bestmögliche Alignment zu erkennen.
Cystein ist für die Proteinstruktur äußerst wichtig. Cysteine sind also konserviert während der Evolution von Proteinen. Sie können daher beim Alignment zweier Proteinsequenzen als Ankerpunkte dienen. Ein Alignment mit übereinanderstehenden Cysteinen würde demnach mit Pluspunkten belohnt.
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