06_Strukturqualitaetssicherung

3D Modelle entsprechen nicht 1:1 der Natur

moegliche Fehler der Experimente und deren Messungen

-> systematische Fehler: Akkuranz

-> zufaelliger Fehler: Praezision

Limitierung der Arten der beantwortbaren Fragen durch Groesse dieser Fehler

lediglich gemittelte Position des Atoms

B-Faktor: Variation der Atomposition ueber Zeit aufgrund dynamischer Molekuelsbewegungen

Besetzung durch Unterschiede in der Konfirmation von einem Ort des Kristalls zum Anderen (alternative Konfirmation der Seitenkette)

Informationen ueber durchschnittliche Struktur der Molekuele und deren Dynamik (Loesung!)

basierend auf Distanz- und Winkelbeschraenkungen

verschiedene Modelle aufgrund raeumlicher Zwaenge oder genuiner Heterogenitaet der Strktur

PDB-Eintraege enthalten atomare Koordinatensets

-> nur einer gewuenschte Repraesentant

Aufloesung <= 2 Angstroem

R-Faktor: Vergleich theoretischen Models mit Ablenkungsmuster -> solange weitere Anpassung bis Uebereinstimmung mit Original erreicht

atomarer B-Faktor

komplett falsche Struktur

falsche Verbindungen trotz richtiger Sekundaerstrukturelemente

• aufgrund der Flexibilitaet der Schleifenregionen

Frameshift

• Passen eines Rests in Elektronendichte des naechsten Rests

• Erhalt des Fehlers bis Kompensationsfehler gemacht

falsche Hauptketten oder Nebenketten - Konfirmation

Ramachandran-Karte

• Cluster guter Strukturen in bevorzugten Regionen

Seitenketten-Torsionswinkel

• praeferierte Konfirmationen

schlechte Kontakte

• zu viele nicht gefallene Atom-Atom-Kontakte

unzureichende WBB-Donatoren und komische WBB-Energien