Klausuren Fragesammlung

Nennen sie die beiden nicht proteinogenen Aminosäuren, die im Harnstoffzyklus jeweils sowohl im Mitochondrium als auch im Cytosol zu finden sind

Durch welches Molekül können Proteine zum Abbau markiert werden? Wie nennt sich der Proteinkomplex in Zellkern und Cytosol, der die Markierung erkennt und die Zerlegung der Proteine dann vornimmt?

Nennen Sie die Bezeichnung einer natürlich vorkommenden Klasse von RNA und beschreiben Sie kurz deren Funktion.

Welche Art von Bindung weisen die Verzweigungen im Glykogen-Molekül auf? Welches Enzym katalysiert die Entstehung der Verzweigungen?

Wozu dient die Milchsäuregärung im Skelettmuskel unter anaeroben Bedingungen? In welchem Kompartiment der Zelle läuft diese Gärung ab?

Welche beiden glykosidischen Bindungen findet man im Amylopektin?

Sie untersuchen die chemische Zusammensetzung einer Nukleinsäure-Probe. Welche Art von Molekül liegt vermutlich vor, wenn sie neben den Basen Adenin, Guanin und Cystosin auch Thymin finden? Welchen Zucker werden sie in der Probe finden?

Beschreiben sie schematisch eine Transaminierungsreaktion. Welches Coenzym ist nötig?

In Form welches Stoffes wird Ammoniak vom menschlichen Organismus im Wesentlichen ausgeschieden? In welchem Organ wird dieser Stoff gebildet?

Wo ist der Inhibitor bei der kompetitiven Hemmung eines Enzyms? Welchen Einfluss hat die Wirkung des Inhibitors auf die Maximalgeschwindigkeit der Substratumsetzung?

Nennen sie mindestens 2 der 6 Klassen nach der die Enzyme entsprechend der EC-Nomenklatur eingeteilt werde

Bevor Glucose in Glykogen eingebaut werden kann, muss sie aktiviert werden. Wie nennt man die aktivierte Glucoseverbindung?

Wodurch beschleunigen Enzyme die Einstellung des Gleichgewichts einer chemischen Reaktion?

Durch Reaktion mit welchem Molekül werden Aminosäuren vor der Übertragung auf ihrer tRNA aktiviert? Wie heißt das Reaktionsprodukt aus Aminosäure und diesem Molekül?

Nennen Sie den Stoffwechselweg und die Stoffwechselprodukte vom Abbau der Pyrimidinbasen

Wo bindet das Substrat bei der nicht-kompetitiven Hemmung eines Enzyms? Wie verändert sich die Maximalgeschwindigkeit der Umsetzung durch ein Enzym bei Bindung eines nicht-kompetitiven Inhibitors?

Welcher Zucker ist in der DNA, welcher in der RNA zu finden?

Formulieren sie schematisch die typische Reaktion der Hydrolasen

Viele Schritte der Glycolyse sind in der Gluconeogenese reversibel, einige Schritte jedoch nicht. Nennen Sie einen solchen Schritt der Glycolyse und den molekularen Mechanismus (Enzym(e)) o. Reaktion(en) oder ggf. Biomolekülzwischenstufe(n), mit dem die Gluconeogenese diesen Schritt bewältigt

Wo bindet der Hemmstoff der allosterischen Hemmung und wie verändert sich dann KM und wie verändert sich vmax?

Wie sind die Aktivitätseinheiten für Enzyme, „Unit“ und „Katal“, definiert?

Nennen sie zwei der Ketonkörper, die direkt bzw. mit einem Zwischenschritt aus HMG-CoA gebildet werden

In welchem Stoffkreislauf und in welcher Form (welches Molekül) werden die Propionyl-CoA-Reste ungeradzahliger Fettsäuren in den Stoffwechsel aufgenommen?

Welche „Größen“ (in Svedberg) besitzen die beiden Untereinheiten prokaryotischer Ribosomen? Welche „Größe“ besitzt die Kombination aus beiden Untereinheiten?

Welche „Größen“ (in Svedberg) besitzen die beiden Untereinheiten eukaryotischer Ribosomen? Welche „Größe“ besitzt die Kombination aus beiden Untereinheiten?

Auf welches (Co-)Enzym wird im Pentosephosphatweg der bei der Dehydrierungsreaktionen entstehende Wasserstoff übertragen? Für welche Art von Biosynthese wird dieses Coenzym benötigt?

Skizzieren Sie die Lineweaver-Burk Darstellung der Abhängigkeit der Reaktionsgeschwindigkeit von der Substratkonzentration in einer enzymatischen katalysierten Reaktion (Enzym verhält sich entsprechend der Michaelis-Menten-Kinetik). Wo können KM und vmax abgelesen werden?

Aufgabe und Nennung eines RNA-Typ

Welche Enzyme katalysieren den nicht oxidativen Teil des Pentosephosphatweges?

Welches Enzym iist für die Verlängerung der DNA-Stränge in einer PCR notwendig?

Welches Metallion wird in der Regel als Cofaktor eingesetzt, damit das Enzym arbeiten kann?

In welchem Kompartiment findet die β- Oxidation und in welchem Kompartiment die Glykolyse statt?

Welches Enzym wird für die PCR verwendet?

Welche Besonderheit hat es?

Nennen Sie zwei Färbungen für Proteine, die häufig in Polyacrylamidgel eingesetzt werden.

Warum müssen Primer in der Replikation nach Ablesen des jeweiligen Gegenstrangs aus der DNA entfernt werden? Welches Enzym übernimmt die Entfernung von Bakterien?

Welchen Einfluss haben Adrenalin und Glucagon auf die Fettsäuresynthese? Über welchen second messenger wird dieser Einfluss ausgeübt?

Sie benötigen 500ul einer 10%-igen Ammoniumpersulfat (APS) -Lösung.

Wie viel APS wägen sie ein?

Welcher Stoff übernimmt in der Atmungskette den Transport der Elektronen zwischen den Komplexen III und IV? Welches Metall im Transporter macht dabei einen Wertigkeitswechsel durch?

Wodurch sind zum Export bestimmte Proteine gekennzeichnet? Welches Molekül erkennt die Kennzeichnung und sorgt für einen zeitweiligen Stopp der Translation?

Warum wird für die Herstellung eines Polyacylamidgels Ammoniumpersulfat eingesetzt?

Welches Enzym ist das Schlüsselenzym für die Regulation der Fettsäure-Biosynthese? Welchen Einfluss hat eine Phosphorylierung auf dieses Enzym?

Welches sind die beiden essenziellen Schritte, über die Nukleinsäuren bei Northern- oder Southern-Blots in der Regel spezifisch sichtbar gemacht werden?

Nennen Sie ein energiereiches Biomolekül und eine energiereiche chemische Bindung im Citratzyklus

Welches Enzym ist für die Verlängerung der DNA-Stränge in einer Polymerase-Kettenreaktion (PCR) notwendig?

Durch welche Eigenschaft zeichnet es sich besonders für die Anwendung in der PCR aus?

Wie erfolgt bei der PCR die Denaturierung und welche Eigenschaft muss die taq-Polymerase daher haben?

Ihnen liegt eine Präparation von Lipoproteinen vor. Welches Organ ist für die Synthese verantwortlich gewesen, wenn sie das Apolipoprotein B-100 finden? An welche Moleküle – außer den Lipoproteinen – binden langkettige Fettsäuren im Blut für ihren Transport?

Nennen Sie einen kovalenten und einen nicht-kovalenten Bindungstypen, der zwischen Amiinosäuren in einem Protein ausgebildet werden kann.

Nennen Sie zwei Eigenschaften von Mitochondrien, die die Endosymbiontentheorie unterstützen

Welche Detergenz entsteht aus Cholesterin und welches Enzym spaltet Triacylglycerine?

Aus welchem Ausgangsstoff wird Cholesterin hergestellt und in welcher Form wird dies wieder ausgeschieden?

Nennen Sie die beiden kleinsten Aminosäuren

Welche Coenzyme sind im Citratzyklus enthalten?

Nennen Sie zwei der drei Aminosäuren, die im Organismus unter anderem zu Regulationszwecke phosphoryliert werden

Welche RNA liefert die aktivierten Aminosäuren für die Proteinsynthese an die Ribosomen, welche RNA liefert den „Bauplan“ für die Abfolge der Aminosäuren in der Proteinbiosynthese?

Was beschreibt der KM-Wert der Michaelis-Menten-Gleichung? Welche Maßeinheit hat die Konstante?

Nenne zwei Aminosäuren, die in der tierischen Zelle phossphoryliert werden

Welches Metall ist in der Atmungskette enthalten?

In welchem zellulären Kompartiment findet die ß-Oxidation statt, über welchen Mechanismus gelangen die längerkettigen Fettsäuren in der Regel in dieses Kompartiment?

Nennen sie zwei Co-Enzyme, die Nukleotide als Bestandteile enthalten

Zeichnen Sie die Strukturformel der Aminosäure Tyrosin.

Bei welcher Wellenlänge kann man aufgrund der Absorption u.a. der Seitenkette von Tyrosin Proteinkonzentration ohne Farbstoffzugabe im Photometer betimmen?

Zeichnen sie eine allgemeine chemische Formel für ein Triacylglycerid. Über welchen Typ von Bindung sind die Ausgangsmoleküle miteinander verknüpft?

In welchem Stoffkreislauf und in welcher Form (Welches Molekül) werden die Propionyl-CoA-Reste ungeradzahliger Fettsäuren in den Stoffwechsel aufgenommen?

Nennen Sie zwei Aminosäuren, die bei physiologischem pH-Wert eine geladene Seitenkette haben.

Welches ist das häufigste Startcodon für den Beginn der Aminosäurekette in der Translation? Welche Aminosäure ist durch diese Abfolge von 3 Basen in Eukaryoten codiert?

Welcher Stoff übernimmt den Transport in der Atmungskette und warum ist dieser hydrophob?

In der Atmungskette der Mitochondrien erfolgt der Transport u.a. über Ubichinon (Coenzym Q). Was transportiert Ubichinon außer Elektronen und warum gehört es zu den sogenannten „mitochondrialen Lipiden“?

Zeichnen Sie die Grundstruktur der “L-Aminosäuren”

Nennen Sie zwei nicht-kovalente Bindungstypen, die zwischen Aminosäuren in Proteinen ausgebildet werden

Welche chemischen Gruppen sind an der Peptidbindung zwischen zwei Aminosäuren beteiligt?

Nenne zwei Co-Faktoren, die Adenosin enthalten

Was sind Isoenzyme und worin können sich zwei sogenannte Isoenzyme unterscheiden?

Welches Coenzym bei Methylmalonyl-CoA-Mutase und was ist das Produkt daraus?

Mit welcher Aminosäure startet die Translation bei Eukaryoten, mit welcher bei Prokaryoten und Mitochondrien?

Welcher Stoff übernimmt in der Atmungskette den Transport der Elektronen zwischen den Komplexen I und III? Wodurch ist dieses Molekül so hydrophob, dass es im Inneren der Membran „gelöst“ ist?

Was versteht man unter “nicht-proteinogenen Aminosäuren”? Nennen Sie ein Beispiel.

Was beschreibt die Primärstruktur, was die Quatärstruktur eines Proteins?

(Für die Vollständigkeit auch die Sekundär- und Tertiärstruktur)

Beschreiben Sie kurz die Funktion des Zn2+-Ions beim Katalysemechanismus der Carboanhydrase (Metallionen-Katalyse)?

Fprmulieren sie die Michaelis-Menten-Gleichung.

Wenn Sie experimentell die Maximalgeschwindigkeit ermittelt haben,

wie können Sie daraus den Km-Wert berechnen?

Zeichnen Sie die Strkturformel für cis-(dreieck)9-Octadecensäure (auch Ölsäure) genannt

Welche chemischen Bestandteile beinhaltet der Begriff Nukleotid? Worin unterscheiden sich Nukleotide und Nukleoside?

Wie bezeichnet man die Vorgänge in Glycolyse, die direkt zur Bildung von ATP (oder einem anderen in ATP umwandelbaren NTP) führen? Das meiste ATP wird jedoch über die Atmungskette gewonnen. Wie bezeichnet man diesen Vorgang?

Was ist die Aufgabe der tRNA bei der Translation? Nennen Sie zwei wesentliche Punkte

Welche beiden Hormone sind Gegenspieler bei der Regulation des Auf- und Abbaus des Glykogens?

Durch welchen Transporter werden Glucose und Galactose in die Mucosa-Zellen des Darms aufgenommen? Wie erfolgt der Transport von Fructose und anderen Monosacchariden?

Warum müssen die Primer in der Replikation nach Ablesen des jeweiligen Gegenstrangs aus der DNA entfernt werden?

Nennen Sie die beiden Pyrimidinbasen der DNA.

(Für die Vollständigkeit auch die Purinbasen)

Welche Möglichkeiten zur Beeinflussung der Membranfluidität bestehen für Eukaryoten?

Kann O2 oder K+ besser durch eine Lipiddoppelschicht diffundieren und warum könnte das so sein?

Auf welche Weise können Proteine direkt in Biomembranen verankert sein? Nennen sie zwei Möglichkeiten.

Wie ist der molekulare Mechanismus der Proteinbestimmung nach Bradford? In welchem pH-Bereich läuft die Proteinbestimmung ab?

Proteine sollen nach ihrem Molekulargewicht aufgetrennt werden. Welche Art von Trägermaterie ist in einer Gelelektrophprese für die meisten Proteine geeignet und welches Detergenz wird am häufigsten eingesetzt?

Wie ist der komplimentäre Strang der folgenden DNA-Sequenz nach Umschreiben in eine RNA aufgebaut?

3’-ATGCAGTTT-5’

Wo, außer in der Glykolyse, findet Substratkettenphosphorylierung noch statt und welches Molekül wird dort gebildet (das dann die Protonen aufnimmt)?

Ein Gen enthält in Eukaryoten oft abwechselnt proteinkodierende und nicht-kodierende Sequenzen.

Wie bezeichnet man diese?

Durch welchen Vorgang werden die nicht-kodierenden Sequenzen aus dem Transkript entfernt?

Geben sie an, welcher Anteil der DNA einer Zelle bei der Replikation bzw. bei einer typischen PCR abgeschrieben wird

Skizzieren sie die Absorptionsspektren von NAD+ und NADH in einem Diagramm (molare Absorption vs. Wellenlänge) und benennen sie die Absorptionsmaxima

Formulieren sie das Lambert-Beer'sche Gesetz. Erläutern sie die Bedeutung der verwendeten Abkürzungen.

Ausgangsstoff und Endstoff von Glycolyse

Wo sitzt die ATP-Synthase, die am Ende der Atmungskette für unsere ATP-Produktion verantwortlich ist? (Organell und Kompartiment innerhalb des Organells)? Woher stammt die Energie für die ATP-Synthese durch die ATP-Synthase?

Wie bezeichnet man die repetitiven Enden eukaryotischer Chromosomen? Welche Funktion haben sie?

Nennen Sie zwei chemische Elemente außer C,H,O und N, die für die Funktion von bestimmten Biomolekühlen notwendig sind.

Nennen Sie zwei Gründe, warum in vielen Fällen mehrere Codons für die geiche Aminosäure codieren.

Wie viele Kohlenstoffatome entält eine Hexose?

Nennen Sie ein Beispiel.

Wie ist der molekulare Mechanismus der Proteinbestmmung mit der „Biuretmethode“? Erläutern sie die Vorgänge und die notwendigen Detergenzien.

Nennen Sie zei Stoffwechselwege, in deren Verlauf Glucose-6-Phosphat als Zwischenprodukt auftritt.

Warum benötigt die Plasmamembran Flippasen und Floppasen?

Was ist eine Pentose? Was ist der Unterschied zwischen einer Aldose und einer Ketose?

Nennen Sie zwei Biomoleküle, bei denen es sich um Isoprenderivate handelt oder sie sonst Isopreneinheiten enthalten.

Welche Funktion hat Fructose-2,6-bisphosphat in der Glykolyse?

An welchem Ende der DNA erfolgt das Anhängen von Nukleotiden? Um was für eine Art Reaktion handelt es sich dazu?

Proteine sollen nach ihrem Molekulargewicht aufgetrennt werden. Zu welcher Elektrode wandern die Proteinmoleküle nach Behandlung mit SDS (Natriumdodecylsulfat)? Welches Reagenz wird in der Regel zur Reduktion von Disulfidbrücken hinzugegeben?

Zeichnen Sie den schematischen Aufbau einer tRNA und beschriften Sie die zwei wichtigen Abschnitte

Welches ist das Ausgangs- und welches ist das Endprodukt der Glykolyse (ohne Gärung, keine Coenzyme)?

Welche Klasse von Enzymen wird in der Glykoneogenese verwendet, um in letzten beiden Schritten der Reaktionskette Glucose herzustellen?

Der Pyruvatdehydrogenase-Komplex, der Pyruvat zu Acetyl-CoA umsetzt, kann durch Phosphorylierung reguliert werden. Wird er dadurch aktiviert oder inaktiviert? Diese Regulation kann auch durch bestimmt Stoffwechselprodukte erreicht werden, die z.B. die Energieladung der Zelle widerspiegeln. Nennen sie ein solches Molekül

Wo findet die Gluconeogenese statt?

Was ist das Besondere an der gelelektrophoretischen Auftrennung von Proteinen (bezogen auf isoelektrischen Punkt), wieso hören sie ab einem bestimmten Punkt auf zu wandern?

In welchem Organell läuft der Citratzyklus ab?

Welches Molekühl stellt die Akzeptorsubstanz für die Einschleusung von Acetyl-CoA in den Citratzyklus?

Welches ist die treibende Kraft für die ATP-Synthese am Ende der Atmungskette?

Beschreiben Sie kurz, wie sie erzeugt wird.

Welche Modifikation außer dem Splicing erfolgen am Primärtranskript der mRNA in der Regel bevor sie den Kern verlässt?

Wie nennt man nichtkodierenden und kodierenden Bereich der Gene und welcher Vorgang macht die auseinander?

Wozu befindet sich eine Primase in prokaryotischen Zellen?

Nenne zwei Methoden, um Proteine aufzutrennen

Im Körper wird Alanin transaminiert. Welches Coenzym wird für diese Reaktion benötigt? Wie heißt das Produkt, das bei dieser Reaktion aus Alanin gebildet wird?

Welches sind die beiden Produkte des oxidativen Teils des Pentosephosphat-Wegs?

Wie viele Doppelbindungen in der Kohlenstoffkette besitzt Arachidonsäure, die auch als eine Eicosatetraensäure bezeichnet wird?

Welche Detergenzien für die Fettverdauung im Darm werden in der Leber aus Cholesterin hergestellt? Welche Enzyme spalten die Triacylglycerine im Darm hydrolytisch?

Welches Produkt erzeugt die Methylmalonyl-CoA-Mutase beim Abbau ungeradzahliger Fettsäuren?

Welches Co-Enzym benötigen sie?

Welches beiden Oxidationsmittel werden für die beta-Oxidation benutzt?

Nennen sie zwei chromatografische Trennverfahren zur Aufreinigung von Proteinen und beschreiben sie kurz, nach welchen Eigenschaften sie die Proteine trennen

Welche Basen beim Pyrimidin-/Purinabbau werden für welchen Stoffwechselweg benutzt?

Welche Kompartimente der Leberzelle – außer im Cytosol – sind an der Neubildung von Glucose beteiligt?

Welche Modifikation erfährt eukaryotische mRNA am 5'-Ende, welche am 3'-Ende?

Welche Effekte auf Proteine hat das bei Polyacrylamid-Gelelektrophorese eingesetzte SDS?

Welches sind die beiden essenziellen Schritte, über die Proteine auf einem Westernblot (Immunblot) in der Regel spezifisch sichtbar gemacht werden?

Wie bezeichnet man die Enden eukaryotischer Chromosomen, wie den Bereich an dem die Schwesterchromatiden zusammengehalten werden?

Nenne zwei Eigenschaften, die ein Expressionsvektor haben muss

Skizzieren Sie den schematischen Aufbau eines Typischen Phospholipids als Bestandteil der Plasmamembran einer Zelle.

Was unterscheidet die Hexokinasen I – III von der Hexokinase IV (Glukokinase)

Warum wird bei der Polyacylamid-Gelelektrophorese (PAGE) Acrylamid und Bisacrylamid verwendet?

Welche Moleküle werden in folgenden Verfahren jeweils nachgewiesen?

Northern-Blot

Western-Blot

Southern-Blot

Welche Moleküle werden in folgenden Verfahren jeweils nachgewiesen?

Southern-Blot:

Northern-Blot:

Welchen Bestandteil muss ein Plasmid (Klonierungsvektor) enthalten, damit es in Bakterien vermehrt werden kann? Wie selektiert man auf Bakterien, die das Plasmid aufgenommen haben?

Welches Enzym hilft bei der Bindung von der Polymerase an den Promotor?

Wo sind Proteasome zu finden und wie werden Moleküle zum Abbau markiert?

Sie führen einen siRNA-vermittelten Knockdown durch.

Mit welcher Methode können Sie kontrollieren, ob dieser erfolgreich war?

Welche Art von Biomolekül weisen Sie mit dieser Methode nach?

Welche Art von Gelmaterial wird im Wesentlichen für die Auftrennung von DNA in der Biochemie genutzt? Wodurch wird die DNA nach Ablauf des Gels sichtbar gemacht?

Wozu dienen Restriktionsendonukleasen, die in der Gentechnik eingesetzt werden, in Bakterien normalerweise? Welche Besonderheit weist die Erkennungssequenz dieser Restriktionsendonukleasen in der Regel auf?

Wie sind die Aufgaben der beiden prokaryotischen DNA-Polymerasen Pol II und Pol III?

Nennen sie für die erste Reaktion in der Glykolyse a) Coenzym b) Enzym.

Auf welchen Molekül befindet sich das Codon und auf welchem das Anticodon?

Warum mehrere Codons für eine Aminosäure (2 Gründe)?

Welche beiden Organe besitzen die komplette Enzymausstattung für die Neubildung von Glucose über Nicht-Kohlenhydrat-Vorstufen?

Welches Mokekül markiert Proteine für den Abbau? Um was für eine Art Molekül handelt es sich?

Welches Enzym ist für die Verlängerung der DNA-Stränge in einer PCR notwendig? Welches Metallion wird in der Regel als Cofaktor eingesetzt, damit das Enzym arbeiten kann?

Welche Klasse von Enzymen machen die letzten beiden Schritte der Gluconeogenese?

Welche Moleküle stellen Ammoniak für den Harnstoffzyklus bereit?

Wie bezeichnet man das DNA-Sequenzierverfahren nach Sanger noch? Auf welchen Mechanismus beruht das Verfahren?