2. Homologie und Bioinformatik

Proteine, die von einem gemeinsamen Vorfahren abstammen

Sind Homologe innerhalb einer Art mit unterschieldichen Funktionen

Sind Homologe in verschiedenen Arten mit sehr ähnlicher oder identischer Funktion

• Erkennen der Homologe durch:

  • Ähnliche DNA und AS

  • Durch ähnliche Tertiärstruktur

• Beide Sequenzen werden aneinander geschoben. Für jedes Alignment wird die Zahl der identischen AS gezählt

• Punktesystem

  • 10 Punkte für jede Übereinsimmung

  • -25 Punkte für jede Lücke

• Hoher Score = Verwandtschaft?

  • nochmal durchmischen > Zufallsergebnis sollte niedriger sein als Ursprungsalignemnt

Konservative Substitution:

Ähnliche chemische Struktur und Eigenschaften

Nichtkonservative Substitution:

Keine ähnliche chemische Struktur

• Bei geringer Identität zusätzliche Berücksichtigung von nicht identischen AS wichtig

• Zahl der notwenigen Mutationen ebenfalls wichtig

• Verwendung der Substitutionsmatrix zur Punkteverteilung je nach Änderung

• Punktesystem für den Austausch jeder AS gegen eine der 19 übrigen AS

  • häufig verwendet: Blosum 62 (Block of amino acid substitution matrix)

  • Blosum mit hohen Nummern wie Blosum 80 ist für evolutionär nahe Verwandte Proteine, eines mit niedrigen Nummern für stark divergierende Proteine geeignet

    > falls keine Infos vorliegen, werden meist Blosum 62 oder 50 verwendet