Wozu Alignment?
Alignments: DNA & Protein - Begriffe
evolutionäre Grundbegriffe
Sequenzidentität <> Homologie
Welche Vergleiche mache Sinn?
sinnvoller Vergleich bei Homologie
Alignments reflektieren die Evolution
Homologie, Identität, Ähnlichkeit
Vergleiche ich auf DNA- oder auf Protein-Ebene?
Wrap up - Grundlagen
Warum ist es nicht einfach, das „beste“ Alignment zu konstruieren?
Evolutionsmodelle - Beispiel
Bewertung eines Alignments
einfach: Score-Wert
Gap penalty
Substitutionsmatrizen
z.B. auf DNA-Niveau:
für Proteine:
PAM-Matrizen
BLOSUM-Matrizen
PAM vs. BLOSUM
BLOSUM:
Alignment-Methoden
Dot Matrix bzw. Dot Plot
Anwendungen Dot plot
Alignment-Algorithmen: Globales vs. Lokales Alignment
Needleman-Wunsch (N-W) 1970
z.B.:
Nachteil N-W
Smith-Waterman (S -W) 1981
Wrap up
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