Phylogenetische Rekonstruktion II - VL7

Distanzmatrix-Methoden

Was sagt die Distanzmatrix?

UPGMA

UPGMA-Problem

Molekulare Uhren

Neighbor-Joining (NJ)

Vorgehensweise NJ

Berstimmen der Topologie beim NJ

Berechnen der Astlängen beim NJ

Distanzmethoden: UPGMA vs. NJ

Charakter-orientierte Methoden

Was sind Charaktere?

Maximum Parsimony (MP)

Grundbegriffe MP

MP - Beispiel

MP - verschiedene Verfahren

MP Exhaustive Search

MP tree search - Branch and bound

MP tree search - Heuristische Verfahren

Nearest neighbor interchange (NNI)

Subtree pruning and regrafting (SPR)

Tree bisection and reconnection (TBR)

long branch attraction

MP - Vor- und Nachteile