Genome sequencing: Re- or de novo
Whole Genome Shotgun Sequencing (WGS) - Probleme
Shotgun-Strategie
WGS - Begriffe
Bewertung des Ergebnisses
Shotgun-Sequenzassemblierung OLC
Assemblierung von Sequenzen
Umgang mit Repeats
Assemblierung bei 2 Strängen
Probleme & Fehlerquellen
DBG Assemblierung - Ablauf
Whole genome shotgun (WGS) für große Genome mit sehr vielen Reads
De novo-Assembly: zwei grundsätzliche Vorgehensweisen
DBG
OLC vs. DBG
Wege zum „vollständigen“ Genom....
Long read-Korrektur mit Illumina
Mate-Pair Sequencing
Hi-C: Chromosome Conformation Capture sequencing
Überprüfung des Assemblies durch Optical Mapping
Größenvergleich der Methoden
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