Genvorhersage & Gen-Annotation
Ebenen der Annotation
„Gene Ontology“
Die („vereinfachte“) Aufgabe der Genvorhersage und deren Probleme
Die drei Wege zum Gen
Gene finden durch DB-Suchen
Unterschiedliche BLAST- Algorithmen
Exkurs: Psi-BLAST & Phi-BLAST
Spliced alignment
Welche „Signale“ von Genen kennen wir? Was für Probleme gibt es?
Position-specific weight matrices
Proteinkodierende Gene haben einen „besonderen Inhalt“
Codon usage
Hidden Markov Models (HMM)
Hidden Markov Models - Anwendungsgebiete
HMM - Prinzip
HMM für prokaryotisches Gen
HMM für prokaryotisches Gen: „GeneMark“
Bewertung der Genvorhersage
Vergleichende Genomanalyse
Am besten…
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