Was wird bei der Erstellung von differenziellen Genexpressionsprofilen festgestellt?
Gene die in 2+ Proben mehr oder weniger stark exprimiert werden
Schreiben Sie die Moleküle (DNA, RNA; Protein) in die drei Phasen nach der Phenol-Extraktion bei zwei verschiedenen pH-Werten.
Phneol pH Wert 4
Oben A = RNA
Mitte B = DNA
Unten C = Proteine
Phenol pH Wert 8
Oben a = DNA und RNA
Mitte b = Nichts
Unten c = Proteine
In der Spektrophotometrie gibt es 3 Extinktionskoeffizienten für Nukleinsäuren:
X: 50 ng/µl
Y: 40 ng/µl
Z: 33 ng/µl
Ordnen Sie die folgenden Nukleinsäuretypen den Extinktionskoeffizienten zu.
PCR Primer: Z
Digitaler PCR Primer: Z
PCR Produkt: X
Eluat der Gesamt-RNA-Isolierung aus der Krebsprobe: Y
Die Konzentration des 100 μl RNA-Eluats der Brustkrebsprobe, die Sie isoliert haben, beträgt 100 ng/μl mittels NanoDrop. Wie viel RNA haben Sie insgesamt?
10 µl
Sie müssen die Reinheit des RNA-Eluats kennen. Was werden Sie tun und wie werden Sie wissen, ob das RNA-Eluat rein genug ist?
die RNA mit dem NanoDrop messen
Die RNA ist dann rein genug, wenn A260/280 zwischen 1,8 und 2,0 liegt
Kann auch die Spektrofluorometrie verwendet werden um die Reinheit eines RNA-Eluats zu bestimmen?
Nein
—> Bei der Spektrofluometrie wird ein RNA-spezifischer Farbstoff verwendet, mit dem eine Konamination von Proteinen nicht nachgewiesen werden kann
(denn sie arbeitet mit einem RNA-spezifischen Farbstoff, der kontaminierende Proteine nicht nachweisen kann.)
Sie erwarten eine sehr geringe Kontamination mit genomischer DNA in Ihrem RNA-Eluat. Wie werden Sie die Menge dieser DNA-Kontamination feststellen?
Das Eluat kann auf Qubit mit einem DNA-Bindungsfarbstoff gemessen werden
Schreiben Sie die Formel und den Extinktionskoeffizienten zur Berechnung der Nukleinsäurekonzentration auf.
Standardextinktionskoeffizienten für
dsDNA
ssDNA
RNA
Konzentration = Extinktion * Extinktionskoeffizent / Weglänge in cm
dsDNA = 50 ng/pl
ssDNA = 33 ng/pl
RNA = 40 ng/pl
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