MB - 22/23
4. Proteomics
a. 3 zelluläre Prozesse wo Proteasen eine Rolle spielen? (1,5)
b. Welche Peptidbindungen hydrolysiert Trypsin? Wodurch wird die Substratspezifität bestimmt? (2)
c. Mit welches AS reagiert Iodacetamid und wofür wird es bei Analysen verwendet? (1,5)
a)
b) Lysin, Arginin (positiv geladen)
Architektur der Substratbindetasche mit negativer Seitenkette am boden der Tasche
c)
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a) Metalloproteasen, Serinproteasen, Cysteinproteasen, Aspartatproteasen, Threoninproteasen
b) Aspartat 102 - macht his57 durch HHBB zu besserem Protoneakzeptor
Histidin 57 - polarisiert Hydroxyl-Seitengruppe des Ser195
Serin 195 - wird zu starkem Nucleophil umgewandelt , Deprotonierung des Hydroxyls zum Alkoxidion
c) Proteolytische Spaltung durch den Prothrombinase Komplex ( Serin-Protease Faktor Xa & Kofaktor Va)
d) 1) spaltet Fibrinogen & ermöglich aneinanderlagerung von Fibrinmolekülen
2) Thrombin aktiviert FXIII zu FXIIIa und treibt somit Blutgerinnungskaskade an
MB - 20/21
a) Spezifität von Trypsin nennen und kurz erklären.
b) Wie wird Chymotrypsinogen aktiviert?
c) Wieso werden Disulfidbrücken Reduziert und Alkyliert? (+ Iodacetamid Zeichnen)
a) Trypsin spaltet peptidverbindungen von basischen Aminsosäuren Arginin & Lysin - Erkennung über negativ geladene Substratbindetasche
b) durch proteolytische Aktivierung über Trypsin - Spaltung an Ile16 -> Konformationsänderung, WW zw Carboxyl & Aminogruppe (an Ile)
I—C—C(O)—NH2
19/20
1) Vorstufe Trypsin benennen, Aktivierung Erklären
2) Substratspezifität nennen und erklären
3) Alkylierung und Reduktion vor proteolytischem Verdau, womit?
Reaktion der Alkylierung malen:
Prot-SH →
1) Vorstufe ist Trypsinogen, Enteropeptidase & Trypsin selbst aktivieren Trypsinogen zu Trypsin durch Abspaltung eines N-terminalen Hexapeptids
2) Trypsin spaltet peptidverbindungen von basischen Aminsosäuren Arginin & Lysin - Erkennung über negativ geladene Substratbindetasche
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a) Nennen Sie Unterschiede zwischen Chymotrypsin und ArgC betreffend Protease Typ und Spezifität.
b) Was ist die katalytische Triade? Nenne die katalytische Triade von Chymotrypsin.
c) Beschreibe die Aktivierung von Trypsin im Zymogen?
d) Beschreibe den Ablauf einer Massenspektrometrischen Analyse mit Beginn bei der Zellkultivierung.
a) Chymotrypsin - Substratbindetasche groß und hydrophob -> aromatische/langetigge unpolare Seitenketten Bsp: trp, Phe, tyr
b) katalytische Triade Chymotrypsin: Asp102-His57-Ser195
ermöglicht Peptidspaltung
c) Vorstufe ist Trypsinogen, Enteropeptidase & Trypsin selbst aktivieren Trypsinogen zu Trypsin durch Abspaltung eines N-terminalen Hexapeptids -> aktiviertes Trypsin aktiviert alle Zymogene des Pankreas
MB 18/19
a. Proteolytische Aktivierung von Chymotrypsin.
b. Spezifität von Chymotrypsin und Trypsin. Erklärung warum die unterschiedliche Substratspezifitäten haben.
c. Erkläre Notwendigkeit der Reduktion und Alkylierung von Cysteinresten.
a) durch proteolytische Aktivierung über Trypsin - Spaltung an Ile16 -> Konformationsänderung, WW zw Carboxyl & Aminogruppe (an Ile)
b) Spezifität Chymotrypsin: schneidet nach AS mit aromatischen oder langkettigen unpolaren Seitenketten (Phe,Tyr,Trp,Met,Leu) - Substratbindetasche groß & Hydrophob
Trypsin spaltet peptidverbindungen von basischen Aminsosäuren Arginin & Lysin - Erkennung über negativ geladene Substratbindetasche
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a. Nenne 2 endogene Serinproteasen mit ihren Spezifitäten b. Was ist die „katalytische Triade“? Katalytische Triade der Elastase? c. Peptid gegeben. Welche Ionen nach collision-induced dissociation?
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A. Kennzeichnen Sie die Aminosäuren in der gegebenen Aminosäuren-Sequenz, die von Glykosyltransferasen modifiziert werden können. Welche Bindung entsteht dabei? (1,5)
B. Kennzeichnen Sie Trypsin-Schnittstellen in der gegebenen Aminosäuren-Sequenz. Wie viele Fragmente entstehen? (1)
C. Ein Proteins wurde 8 Stunden mit PNGase F behandelt und zu unterschiedlichen Zeitpunkten wurden Proben entnommen und mittels SDS-Page aufgetrennt. Auf welche Art und Anzahl and Glykosilierungsstellen kann man damit rückschließen? (Die SDS-Page sah so ähnlich aus, wie die auf Folie 16 Glycoproteine_BW) (1,5)
D. Zeichnen die Core-Glykanstruktur eines Glykoproteins, das im Lumen des ER gebildet wird. (1)
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