Was versteht man unter Primär- bzw. Sekundär-Datenbank?
Primärdatenbanken sind Sequenzdatenbanken. Sekundärdatenbanken entnehmen aus anderen Datenbanken Informationen und sortieren und ergänzen die Informationen nah bestimmten Gesichtspunkten (z.B. Enzymdatenbank)
Welches ist die größte Nukleotid-Datenbank und zu welcher Institution gehört sie?
Die Genbank gehört zu NCBI
Welche Datenbanken sind älter: Nukleotid- oder Protein-Datenbank und Warum?
Proteinsequenzierung gibt es schon seit Mitte der fünfziger Jahre, während die DNA-Sequenzierung erst Anfang der siebziger Jahre entwickelt wurde. Daher gab es zuerst Proteindatenbanken.
Was versteht man unter Annotation?
Das Hinzufügen von zusätzlichen Daten zu Primärdaten.
Welche Datenbank ist die vom Umfang her größte vom Menschen erschaffene Datenbank?
Die Meterologische Datenbank
Welches sind die drei wichtigsten Nukleotid-Datenbanken?
Genbank, EMBL-Datenbank und DNA Data Bank of Japan
Welche Hauptaufgabe hat die ISNDC?
Die ISNDC sorgt für den täglichen Austausch von Daten zwischen den drei großen amerikanischen, europäischen und japanischen Datenbanken.
Welche Substanzklasse spielt neben den Nucleinsäuren und den Proteinen eine wichtige Rolle in den Datenbanken und warum? (eher nicht klausurrelevant)
Kohlenhydrate …
Nennen Sie zwei nicht elektronische Datenbanken aus dem letzten Jahrhundert?
Bücher, Mikrofilme
In welchem Journal werden jährlich biologische Datenbanken aufgelistet?
Nucleic Acids Research
Wie viele biologische Datenbanken gibt es ungfähr? (eher nicht klausurrelevant)
ca. 380 Tendenz steigend
Nennen Sie eine 3D-Struktur-Datenbank
wwPDB
Nennen Sie drei Methoden wie man von organischen biologisch aktiven Substanzen 3D-Strukturen erhalten kann. (eher wichtig)
Kristallstrukturen, NMR-Spektrometer und Computersimulation
Nennen Sie eine für sich isolierte biologische Datenbank.
gibt es nicht
Was versteht man unter “small molecule Datenbanken”?
Sie speichern Daten zu nicht polymeren Substanzen.
Welche Gründe gibt es für Redundanz in Sequenzdatenbanken?
-Genomische Sequenzen (mit Introns) / cDNA / mRNA mit jeweils eigenen Einträgen
-bei cDNA / mRNA : Splice-Varianten
-Sequenzierung durch mehrere Gruppen unabhängig voneinander
-Zunächst nur Teilsequenzen ermittelt, später dann vollständige(re) Sequenzen
Polymorphismen oder Sequenzierfehlern
Was ist das FASTA-Format?
Es ist ein textbasiertes Format zur Darstellung und Speicherung der Primärstruktur von Nukleinsäuren und Proteinen in der Bioinformatik. Die Nukleinbasen bzw. Aminosäuren werden durch einen Ein-Buchstaben-Code dargestellt
Was ist Exon und Intron?
Die Introns sind die nicht codierenden Abschnitte der DNA innerhalb eines Gens, die benachbarten Exons (codierende Abschnitte) von einander trennen.
Was ist eine Sequenzdatenbank?
Nukleotid-/Proteinsequenzen
-speichern Primärstruktur (sequenz) mit wenigen weiteren Informationen
-Primär-Datenbanken
Was ist eine annotierte Datenbank? Bsp.?
speichern Daten zur Funktion, Wechselwirkungen, Modifikationen, etc. zu einem bestimmten Protein
Bsp.: UniProt
Was ist eine 3D-Strukturdatenbank? Bsp.?
speichern experimentell ermittelte 3D-Strukturen
Bsp.: PDB
Was ist eine small molecule Datenbank? Bsp.?
speichern Daten zu nicht-polymeren Molekülen
Bsp.: PubChem
Was ist eine abgeleitete Datenbank?
sammeln Daten aus anderen Datenbanken zu einem bestimmten Thema (z.B. bestimmte Enzymfamilie) oder zu einer bestimmten Eigenschaft (z.B. Sequenzverwandschaft)
Sekundär-Datenbank
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