Wie nennt man die gezielte Vermehrung der DNA?
Amplifikation
Was sind die Materialien:
taq-Polymerase (hitzestabil)
Thermocycler
Mg^2+
DNA Sequenz
DNA- Primer
Puffer Lösung
Desoxynucleosid-Triphosphate
Wie wird der zu vervielfältigen Abschnitt eingerahmt?
Primer passen auf eine ganz bestimmte Sequenz (Komplementär)
Ablauf:
Wie oft wird er wiederholt?
20-30 Wiederholung
1.Denaturierung
Etwa 94 °C
Durch Hitze trennen sich Wasserstoffbrücken des Doppelstrang. Es entstehen zwei Einzelstränge
2.Annealing/Hybridisierung
Ist auf etwa 60 °C abgekühlt.
Zwei DNA Primer binden Komplementär an beide DNA Einzelstränge
Niedrige Temperatur notwendig, damit Primer ansetzen können und sich Wasserstoffbindungen bilden können
3. Elongation/ polymerisierung
(Wird erhitzt auf etwa 72 °C)
Taq-Polymerase setzt ein Primer und synthetisiert jeweils den neuen Strang von 3’ zu 5’ Ende
(Wie beim Leitstrang der Replikation)
Zyklus beginnt von vorn
Mit erhitzen trennt sich Taq Polymerase, außerdem spaltet sich DNA Doppelstrang wieder
Erster Zyklus
Zu lange komplementäre, stränge synthetisiert, weil bei 5’ zu 3’ Kein Stopsignal vorhanden ist
Zweiter Zyklus
Diese besitzen die Länge des zu vervielfältigen DNA Abschnitts
primer der PCR
Hybridisierungs Temperatur muss auf Primer abgestimmt sein
Ist abhängig von Länge des Primers und Anzahl der C- und G-Basenbindungen
Formel der Hybridisierungs Temperatur
Tm= 2 °C • (A + T) +4 °C • (G + C)
Weitere Regeln für Primer:
Dürfen nicht Komplementär zueinander sein (binden sonst aneinander)
Müssen beide eine ähnliche Hybridisierungs Temperatur haben (sollen gleichzeitig an DNA Sequenz binden, Um Fehl Paarung zu verhindern)
Primer Sequenz darf nicht komplementär zu sich selbst sein. (sonst faltet sich Primer in sich selbst zusammen.).
Was sind dnTPs?
Desoxyribonukleotid-tri-phosphate
Sie sind die Bausteine, aus denen neuer DNA während der Polymerasekettenreaktion (PCR) synthetisiert wird. Diese Nukleotide enthalten die vier Basen Adenin (A), Thymin (T), Cytosin (C) und Guanin (G), die jeweils an einen Desoxyribose-Zucker und drei Phosphatgruppen gebunden sind
Bei der Polymerisation werden die äußeren beiden Phosphatgruppen (als Pyrophosphat) abgespalten.
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