wie oft wird die RCSB PDB aktualisiert?
Das Hauptarchive befindet sich beim RCSB PDB
und wird wöchentlich aktualisiert.
Experimentelle Bestimmung der Koordinaten
meist mittels Röntgenkristallographie (x-ray)
oder Kernresonanzspektroskopie (NMR),
aber auch (Kryo-)Elektronenmikroskopie (Auflösung 3,6 Å).
Schwerer als Sequenzierung,
daher weniger Einträge
Was beinhaltet die SCOP Datenbank?
(Structural Classification of Proteins)
SCOP beinhaltet Daten zu Supersekundärstruktur-
elementen.
80% aller Proteine gehören zu ca. 400 Faltungstypen.
Die Faltungstypen werden durch eine Supersekundär-
struktur charakterisiert.
Hierarchische Klassifikation von Proteinen hinsichtlich
struktureller und evolutionärer Verwandtschafts-
beziehungen.
Proteine werden in Proteindomänen unterteilt.
Nach visueller Prüfung von Struktur- und
Funktionsbeziehung werden die Proteine klassifiziert
Nach was wird in der SCOP-Datenbank klassifiziert?
Proteinfamilie: mindestens 30% Sequenzähnlichkeit und
Funktion und Struktur ähnlich.
• Superfamilie: Sequenz hat wenig Gemeinsamkeit, aber
Struktur und Funktion lassen einen evolutionären
gemeinsamen Ursprung wahrscheinlich werden.
• Strukturelemente mit derselben Anordnung und Topologie
werden zu Faltungstypen zusammengefasst.
• Die meisten Faltungstypen werden 5 Klassen zugeordnet: all- alpha, all-beta, alpha and beta, alpha plus beta und
multidomain.
Mit welchen Datenbanken pflegt die RCSB PDB regelmäßigen Austausch?
PDBe (Europa)
PDBj (Japan)
2006 BMRB (USA)
Welche experimentell gewonnenen Struktur Daten werden in der RCSB PDB aufgenommen?
Röntgenkristallographie
Kernresonanzspektroskopie (NMR)
Kryo-Elektronenmikroskopie
Welche Schritte umfasst die Kristallstrukturanalyse?
Expression und Aufreinigung des Proteins
Kristallisation
Beschuss mit Rötgenstrahlen, Mesusng des Diffraktionsmusters
Errechnung von von elektronendichten aus Diffraktiosdaten
Positionieren der Atome in der Elektronendichte-Karte
Welche Vor- und Nachteile hat die Strukturbestimmung nittels NMR-Spektroskopie?
Dynamik ist erkennbar
Frößenlimitation (<25 kDa)
Probe muss rein sein
Lösungsmitteleinfluss
Was ist der Ramachandranplot?
Bestimmte AS haben ihre bevorzugte Psi und Phi Torsionswinkel, die im Ramachandranplot dargestellt werden
Wie entsteht die Redundanz in der PDB?
Unterschiedliche Auflösungen
Mutationen
Erst Teilstrukturen ermittelt, später komplette Strukturen
Strukturen eines Proteins allein oder mit verschiedenen Liganden
Strukturen bei unterschiedlichen Bedingungen (z.B. pH-Werte)
Welche Datenbank pflegt Proteinstrukturen aus Computersimulation?
Modbase
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