Was versteht man unter einer biologischen abgeleiteten Datenbank?
Abgeleitete biologische Datenbanken filtern und interpretieren die Informationen der primären Datenbanken nach bestimmten Kriterien.
Was versteht man unter einer „consensus pattern“?
Consensus Pattern stellen charakteristische Muster dar, die z.B. beim
Vergleich von Proteinen auftreten.
In welche Gruppierungen kann man abgeleitete Datenbanken unterteilen?
Die Einteilung kann unter sehr unterschiedlichen Gesichtspunkten geschehen:
Motiv-Datenbanken:
PROSITE - Muster von Proteine
PRINTS - Fingerabdrücke von Proteinen
Soffwechseldatenbanken:
Enzyme - Nomenklaturdatenbank
BRENDA - Literaturdatenbank für Enzyme
KEGG - Stoffwechseldatenbank
Welche drei Fälle kann man bei Alignments mit Nukleinsäuresequenzen unterscheiden?
Welche Fälle kann man bei Proteinsequenzen unterscheiden?
Wie werden Alignments berechnet?
Zur Bewertung eines Alignments vergibt man für Übereinstimmungen Pluspunkte, für Lücken und Nicht-Übereinstimmungen Minuspunkte.
Je nachdem, wie viele Punkte man für die einzelnen Fälle vergibt, kann man unterschiedliche Alignments erhalten.
Bei Proteinsequenzen nutzt man nicht nur „Match“ und „Mismatch“, sondern definiert für jede Kombination zweier Aminosäuren einen eigenen Wert in so genannten Substitutionsmatrizen.
Was ist ein globales Alignment?
Das Alignment umfasst beide Sequenzen von der ersten bis zur
letzten Position
Was ist ein lokales Alignment?
– Alignment zweier Sequenzen, wobei nur die Teilsequenzen
zugeordnet werden, die einen maximalen Score erreichen
– Mismatches und Gaps an Anfang und Ende werden
„abgeschnitten“
– Bereiche mit geringer Ähnlichkeit werden nicht verwendet
– kann identisch mit globalem Alignment sein
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