ÜBUNGSFRAGE - Sigma Faktoren
Was ist ein Sigma-Faktor?
(ÜF) Warum haben Bakterien mehr als nur einen Sigma-Faktor?
Nenne ein Beispiel für ein Bakterium, welches nur einen Sigma-Faktor besitzt.
Haben Eukaryoten Sigma-Faktoren?
Der Sigma-Faktor ist eine Untereinheit, mithilfe welcher das Kernenzym aus den Untereinheiten alpha, alpha’, beta und beta’ das Holoenzym bildet. Der Sigma-Faktor erkennt die Promotorsequenz auf der DNA und kann so die Transkription eines spezifischen Gens einleiten.
Der Sigma-Faktor ist austauschbar, kann spezifische Gene erkennen und so die Genexpression beispielsweise an Stresssituationen wie Hitzeschock oder N2-Mangel anpassen.
Nenne ein Beispiel für ein Bakterium, welches nur einen sigma-Faktor besitzt.
Mycoplasma genitalium
Mycoplasma genitalium and its close relative Mycoplasma pneumoniae possess a primary sigma-70 factor (MG249 and MPN352, respectively) but no alternative sigma factors have been characterized.
(doi 10.1093/nar/gkv422)
Haben Eukaryoten sigma-Faktoren?
Nein.
ÜBUNGSFRAGE/ KLAUSURFRAGE - Sigma-Faktoren
Beschreibe die Funktion von sigmaFaktor 70 aus E.coli
Beschreibe die Funktion von sigmaFaktor 32 aus E.coli
(KF) Beschreibe die Funktion von sigmaFaktor 54 aus E.coli
Erläutere kurz die Funktion der Glutaminsynthetase, welche durch sigma 54 induziert wird
ÜBUNGSFRAGE - Sigma-Faktoren
Targetgene von sigma70 sind Haushaltsgene
Transkriptionsinitation aller E.coli Gene derer Produkt unter normalen Bedingungen benötigt wird
-35/-10 Region (TATA)
Genname rpoD
aktiviert Targetgene bei Hitzeschock
Genname rpoH
-35/-10 Region (CCCC)
Beschreibe die Funktion von sigmaFaktor 54 aus E.coli
wird bei N2 Mangel aktiviert und induziert das Enzym Glutaminsynthetase
Genname rpoN
-24/-12 Region (TTGC)
etwa 60 Prozent der bakteriellen Genome in der EBIDatenbank besitzen einen putativen sigma54
Die Glutaminsynthetase verstoffwechselt Glutaminsäure und Ammoniumionen in Glutamin. Glutamin dient als Transport von Stickstoff (Ammoniak). Endogene Reaktion (ATP abhängig)
KLAUSURFRAGE - Topoisomerasen und Einflüsse auf Replikation
(KF) Was sind die grundlegenden Eigenschaften von Topoisomerase I?
(KF) Was sind die grundlegenden Eigenschaften von Topoisomerase II?
Welchen Einfluss haben Topoisomerase I und II auf die Transkription?
Was hat noch einen Einfluss auf die Transkription?
KLAUSURFRAGE - Topoisomerasen
Topoisomerase 1 schneidet einen Einzelstrang DNA Strang, fädelt den anderen Strang hindurch und ligiert den geschnittenen Strang.
das tut sie ATP unabhängig
sie kann so neg Superspiralisierung entwinden
auch Gyrase genannt
erzeugt einen Doppelstrangbruch
das tut sie ATP abhängig
legiert den Doppelstrang wieder
erzeugt so neg Supercoiling
Entwindung der DNA mit ca 10bp pro Windung
führt zu Platzgewinn und besserer Ablesbarkeit
die Superhelikalität der DNA beeinflusst die Bindung der RNA-Polymerase an den Promotor
während er Replikation wird neg und pos Supercoiling entzeugt welche durch Topo I und II wieder ausgeglichen werden müssen
Spacer (Region zwischen bsp. -35 und -10)
GC (3WBB) oder AT(2WBB) Basenpaarungen
VORLESUNGSFRAGEN zur Transkription Basiswissen
Shine-Dalgarno-Sequenz liegt auf…
der DNA
der mRNA
in der TATA Box
Der UTR auf der mRNA steht für…
Bei der Synthese der RNA wird von der DNA abgelesen der…
kodogene Strang (Antisense)
kodierende Strang (Sense)
Alle Gene kodieren für Proteine. Richtig oder Falsch?
Ordne mRNA, rRNA und tRNA sowie sRNAs nach ihrer tendenziellen Größe
Welche RNAs werden am häfigsten transkribiert?
Warum können mRNAs leichter abgebaut werden als tRNAs und rRNAs?
der mRNA - Ribosomenbindestelle
Der UTR auf der mRNA steht für
Untranslatierter Bereich
falsch
sRNA - tRNA- rRNA - mRNA
rRNA
aufgrund spezifischer Faltung die vor Abbau schützt
Wahr oder Falsch? Die RNAPol…
braucht Mg2+ als Kofaktor
braucht Eisen als Kofaktor
ist nicht die einzige RNA Polymerase in Bakterien
braucht keinen Primer
hat eine geringere Fehlerrate als die DNAPol
Ist langsamer als die DNA Pol
In welche Richtung synthetisiert die RNA Pol RNA?
In welche Richtung liest die RNAPol die DNA ab?
braucht Mg2+ als Kofaktor WAHR
braucht Eisen als Kofaktor FALSCH
ist nicht die einzige RNA Polymerase in Bakterien FALSCH
braucht keinen Primer RICHTIG
hat eine geringere Fehlerrate als die DNAPol FALSCH (DNA hat proof reading)
Ist langsamer als die DNA Pol WAHR
5’ zu 3’
3’ zu 5’
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