04.12

-Choosing an appropiate statistical distribution

-Normalization between samples

-Few samples available make it difficult to estimate parameters

-Many genes and many tests -> high dimensionality

• Auswahl einer geeigneten statistischen Verteilung

• Normalisierung zwischen den Proben

• Wenige verfügbare Proben erschweren die Parameterschätzung

• Viele Gene und viele Tests → hohe Dimensionalität

Reads of a gene in one condition compared to reads of the same gene in another condition

Lesungen (Reads) eines Gens unter einer Bedingung im Vergleich zu den Reads desselben Gens unter einer anderen Bedingung

Sequence + base quailty

1. RPKM/FPKM -> Reads or fragments per kilobase of transcript per million reads of library

2. TPM -> transcripts per million

• RPKM/FPKM: Reads bzw. Fragmente pro Kilobase Transkript pro Million Reads der Bibliothek

• TPM: Transkripte pro Million

-Choosing an appropriate statistical distribution

-Normalization between samples

-Few samples available make it difficult to estimate parameters (e.g., variance)

-Many genes and many tests -> high dimensionality

• Auswahl einer geeigneten statistischen Verteilung

• Normalisierung zwischen den Proben

• Wenige verfügbare Proben erschweren die Parameterschätzung (z. B. der Varianz)

• Viele Gene und viele Tests → hohe Dimensionalität

-FDR -> multiple test correction

-filter out genes that have little chance of showing significance

-independent hypothesis weightening

• FDR (False Discovery Rate) → Korrektur für multiple Tests

• Filterung von Genen, die nur geringe Wahrscheinlichkeit haben, signifikant zu sein

• Unabhängige Gewichtung der Hypothesen (Independent Hypothesis Weighting, IHW)

-estimation of size factor

-estimation of the dispersion value for each gene

-fitting of the generalized linear model and performing statistical testing

-> which genes are expressed differently in different conditions

• Schätzung des Size-Faktors

• Schätzung des Dispersionswertes für jedes Gen

• Anpassung des generalisierten linearen Modells und Durchführung statistischer Tests

→ Bestimmung, welche Gene unter verschiedenen Bedingungen unterschiedlich exprimiert werden

How much gene expression changes in different conditions

Wie stark sich die Genexpression unter verschiedenen Bedingungen verändert