CID
- CID = Collision Induced Dissociation
o Ionen werden beschleunig und kollideren mit neutralen Gasen
o Kinetische Energie in innere Energie umgewandeltà Fragmentierung
o Sequenzierung, Routineanalytik
ECD
- ECD = Electron Capture Dissociation
o Positiv geladene Ionen fangen ein freies Elektron ein-_> Fragmentierung ohne Verlust von Modifikationen
ISD
- ISD = In Source Decay
o Fragmentierung findet direkt in Ionisationsquelle statt (MALDI)
PSD
- PSD = Post Source Decay
o Nach Ionisation zerfallen Ionen sponatn im Flug
o Fragmentierung erfolgt nach Beschleunigungsbereich
o MALDI basierte Sequenzierung
ESI
Ionisierungsart
- ektrospray Ionisation (ESI)
o Flüssige Probe durch feine Kapillare versprüht
o Hochspannung erzeugt geladene Tröpfchen
o Verdampfungà Ionen entstehen
o Skizze: Sprühkapillarà Tröpfchenà Ionenà Massenspektrometer
o Massenanalysatoren: Quadrupol, Orbitrap
MALDI
- Matrix-unterstütze Laserdesorption/Ionisation (MALDI
o Probe wird mit Matrix vermischt
o Laserstrahl trifftà Matrix verdampftà Ionisierung der Probe
o Skizze: Matrix + Probe ß Laserà ionisierte Moleküleà Massenspektrometer
o Massenanalysatoren: TOF (time of flight), ion trap
DESI
- Desorption Elektrospray Ionisation (DESI)
o Geladene Lösungströpfchen treffen auf feste Probe
o Moleküle werden direkt auf Oberfläche ionisiert
o Skizze: Sprühstrahlà Oberflächeà Ionenà Massenspektrometer
o Massenanalysatoren: Obritrap, TOF (time of flight)
FAB
- Fast Atom Bombardment (FAB)
o Probe in Matrix eingebettet
o Bombardierung mit schnellen Atomenà Ionisierung
o Skizze: Matrix + Probeß schnelle Atomeà Ionen à Massenspektrometer
o Massenanalysatoren: Magnetsektor, Quadrupol
APCI
- Atmospheric Pressure Chemical Ionisation (APCI)
o Probe wird verdampft
o Ionisierung durch Reaktion mit geladenen Gasen bei Atmosphärendruck
o Skizze: Verdampfungà Gas Ionenà Chemische Ionisationà Massenspektrometer
o Massenanalysatoren: Quadrupol, Ion Trap
Bottom up Proteomics vs. Top down Proteomics vs. Post Source Decay
Bottom up Proteomics
- Proteine werden enzymatisch verdaut (Trypsin)
- Peptidfragmente per MS/MS analysiert
Top down Proteomics:
- Intakte Proteine werden direkt ionisiert und fragmentiert
- MS/MS liefert Infos über Sequenz, Modifikationen und Vernetzungen
Post Source Decay
- Bei MALDI TOF
- Nach Ionisation zerfallen Ionen spontan im Flug
- Fragmentierung erfolgt nach Beschleunigungsbereich
Disulfidbrücken Nachweis mit MS/MS
- Top down bevorzugt: intakte Proteine
- Reduktionskontrolle: Vergleich von reduzierter vs. Nicht reduzierte Probe (Reduktion mit DTT oder TCEP)
- Fragmentierungsmethode: ECD (ELectron Capture Dissociation) oder ETD (Electron Transfer Dissociation)
- Massendifferenzen analysieren
- Validierung
Peptidsequenz von Tripeptid NH2-Gln-Arg-Tyr-OH aufzeichnen und alle mögliche b und y Ionen aufzeichnen
[M+H]+ wie molare Masse
Summenformel + 1
Summer der AS molare Masse - 18*Anzahl Peptidbindunge + 1
Molare Masse für b Ionen
Summenformel
molare Masse der AS-17
Summe der AS molare Masse -18*Anzahl Peptidbindungen -17
Molare Massen y Ionen
Summenformeln
molare Masse der AS + 1
Summer der AS molare Massen -18*Anzahl Peptidbindungen + 1
Wie Abbau von Trypsin, Chymotrypsin, Elastase, Pepsin
Trypsin: hinter Arginun und Lysin (wenn kein Prolin folgt)
Chymotrypsin: hinter Phenyalanin, Tryptophan, Tyrosin, Leucin (wenn kein Prolin folgt)
Elastase: hinter Alanin, Glycin, Serin, Valin (wenn kein Prolin folgt)
Pepsin: hinter Phenylalanin, Leucin
Molare Masse von Kohlenstoff, Stickstoff, Sauerstoff, Wasserstoff, Schwefel
Kohlenstoff: 12
Stickstoff: 14
Sauerstoff: 16
Wasserstoff: 1
Schwefel: 32
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