Was ist Qualitaetsicherung?
3D Modelle entsprechen nicht 1:1 der Natur
moegliche Fehler der Experimente und deren Messungen
-> systematische Fehler: Akkuranz
-> zufaelliger Fehler: Praezision
Limitierung der Arten der beantwortbaren Fragen durch Groesse dieser Fehler
Modelle von Roentgenkristallographie
lediglich gemittelte Position des Atoms
B-Faktor: Variation der Atomposition ueber Zeit aufgrund dynamischer Molekuelsbewegungen
Besetzung durch Unterschiede in der Konfirmation von einem Ort des Kristalls zum Anderen (alternative Konfirmation der Seitenkette)
Modelle von NMR - Spektroskopie
Informationen ueber durchschnittliche Struktur der Molekuele und deren Dynamik (Loesung!)
basierend auf Distanz- und Winkelbeschraenkungen
verschiedene Modelle aufgrund raeumlicher Zwaenge oder genuiner Heterogenitaet der Strktur
PDB-Eintraege enthalten atomare Koordinatensets
-> nur einer gewuenschte Repraesentant
globale Qualitaetsparameter der Roentgenstrukturen
Aufloesung <= 2 Angstroem
R-Faktor: Vergleich theoretischen Models mit Ablenkungsmuster -> solange weitere Anpassung bis Uebereinstimmung mit Original erreicht
atomarer B-Faktor
Schwerwiegende Fehler
komplett falsche Struktur
falsche Verbindungen trotz richtiger Sekundaerstrukturelemente
aufgrund der Flexibilitaet der Schleifenregionen
Frameshift
Passen eines Rests in Elektronendichte des naechsten Rests
Erhalt des Fehlers bis Kompensationsfehler gemacht
falsche Hauptketten oder Nebenketten - Konfirmation
stereochemische Tests in Proteinen
Ramachandran-Karte
Cluster guter Strukturen in bevorzugten Regionen
Seitenketten-Torsionswinkel
praeferierte Konfirmationen
schlechte Kontakte
zu viele nicht gefallene Atom-Atom-Kontakte
unzureichende WBB-Donatoren und komische WBB-Energien
Zuletzt geändertvor 2 Jahren