Herrmann

Forward: Berechnet Wahrscheinlichkeit einer beobachteten Sequenz unter Berücksichtigung aller möglichen Abfolgen von hidden states. -> Genauer aber mehr Rechenoperationen

Viterbi: Berechnet die Wahrscheinlichkeit für eine Sequenz bei der jeweils nur der wahrscheinlichste Pfad von einem hidden state zum nächsten mit einbezogen wird. -> Ungenauer aber effizienter

DNAse I – Footprinting = DNAse —> Protein gebundene DNA wird vor der Spaltung durch die DNAse I bewahrt.

• die Stellen an denen das Chromatin nicht konserviert/frei zugänglich ist —> fragmentiert, —> geschnittenen Fragmente sequenzieren

• Vorteil = In vivo Dichte der Spaltung Genauigkeit von einem Nukleotid

• Nachteil: n vitro low-throughput Methode.

SELEX = Systematic Evolution of ligands by exponential enrichment

• Zufällige Library von k-meren generiert —> mit TF of interest inkubiert wird

• TF gebundenen Targets werden von den ungebundenen k- meren getrennt —> PCR angereichert —> Zyklus wird weiter fortgesetzt.

• Vorteil = in vitro, medium throughput Methode

• Nachteil = hochaffine Bindungsstellen überselektiert

ATAC-seq = using Tn5 transposase with sequencing primers

• small numbers of input material (~10,000 cells)

• identification of open chromatin regions (peaks)

TP/P = TP/(TP + FN)

how many true binding sites did I find?

TN/N = TN/(TN + FP)

how many of the non-ninding sites did I identify correctly?

Sensitivity also TP/P

PPV = Positive Prediction Value

PPV = TP / (TP + FP)

1 - Spezifizität = False-positive rate

1 - TN / (TN + FP)

Desto mehr False Negatives (nicht so geil, weil die haben dann Krebs oder so, aber Compute sagt nein…)

Desto mehr FPs. (ja auch nicht geil, aber dann macht man mehrere Tests und denkt sich geil, ich hab doch kein Krebs)

Schwellenwert hochsetzen. —> Alle Bindestellen sind keine Bindestellen