Klausur 1

9) Trypsin -> Spaltet nach (Lysin (K) und Arginin (R). Dies ist eine wichtige Eigenschaft von Trypsin, die es von anderen Proteasen unterscheidet.

10) NADH: -> Ein Coenzym, das an vielen Stoffwechselreaktionen beteiligt ist. NADH ist eine reduzierte Form von NAD+, das Elektronen an die Atmungskette abgibt.

8) PKA: -> wird durch cAMP aktiviert, das als heterotroper Effektor wirkt. Ein heterotroper Effektor ist ein Molekül, das die Aktivität eines Enzyms durch Bindung an eine andere Stelle als das Substrat beeinflusst. cAMP ist ein sekundärer Botenstoff, der durch Adrenalin ausgelöst wird.

1) Ionenaustausch: -> Methode zur Trennung von Molekülen nach ihrer Ladung. Ionenaustausch wird zum Beispiel zur Reinigung von Proteinen verwendet, indem man sie durch ein Harz leitet, das entweder positiv oder negativ geladene Gruppen enthält.

2,3-Bisphosphoglycerat: -> Ein homotroper Effektor ist ein Molekül, das die Aktivität eines Enzyms durch Bindung an dieselbe Stelle wie das Substrat beeinflusst. 2,3-Bisphosphoglycerat bindet an Hämoglobin und senkt dessen Affinität zu Sauerstoff.

Vitamin K: -> an der Synthese von Gamma-Carboxyglutamat beteiligt. Gamma-Carboxyglutamat ist eine modifizierte Aminosäure, die in einigen Gerinnungsfaktoren vorkommt. Vitamin K ist ein Cofaktor für die Carboxylierung von Glutamat zu Gamma-Carboxyglutamat.

Isoelektrische Fokussierung: -> Methode zur Trennung von Proteinen nach ihrem isoelektrischen Punkt (pI), der vom pH-Wert abhängt. Die Proteine werden in einem Gel mit einem pH-Gradienten angelegt und unter Strom gesetzt. Die Proteine wandern zu dem pH-Wert, der ihrem pI entspricht, und bleiben dort stehen.

Gewebefaktor: -> löst den extrinsischen Weg der Blutgerinnung aus. Der extrinsische Weg beginnt mit der Bindung von Gewebefaktor an Faktor VII und führt zur Aktivierung von Faktor X.

Sauerstoff: -> homotroper Effektor für Hämoglobin. Sauerstoff bindet an Hämoglobin und erhöht dessen Affinität zu weiterem Sauerstoff. Dies führt zu einer sigmoidalen Sauerstoffbindungskurve für Hämoglobin.

Zymogen: -> Zymogen ist ein inaktives Vorläufermolekül eines Enzyms, das durch eine spezifische Spaltung aktiviert wird. Zymogene werden oft als Schutzmechanismus produziert, um eine unerwünschte Enzymaktivität zu vermeiden. Zum Beispiel wird Trypsin als Zymogen produziert, um die Bauchspeicheldrüse nicht zu verdauen.

Alignment mit Punktesystem: Das Punktesystem beruht auf der Annahme, dass Aminosäuren, die häufig in verwandten Proteinen konserviert sind, eine höhere Wahrscheinlichkeit haben, miteinander ausgetauscht zu werden als solche, die selten konserviert sind. Daher wird einem Paar von identischen oder ähnlichen Aminosäuren ein positiver Score (+10) zugewiesen, während einem Paar von unterschiedlichen Aminosäuren ein negativer Score (-25) zugewiesen wird. Die Summe der Scores für alle Paare in einem Alignment ergibt den Gesamtscore für das Alignment. Je höher der Gesamtscore ist, desto besser ist das Alignment.

Die BLOSUM62-Matrix ist eine der am häufigsten verwendeten Punktesysteme für Proteinsequenzen. Sie wurde aus einer Datenbank von lokalen Alignments von Proteinen abgeleitet, die in Blöcken (BLOcks) organisiert sind. Diese Blöcke enthalten hochkonservierte Regionen von Proteinen, die zu verschiedenen Familien gehören. Die BLOSUM62-Matrix gibt den Logarithmus des Quotienten der beobachteten Häufigkeit eines Aminosäurenpaares in den Blöcken und der erwarteten Häufigkeit dieses Paares unter der Annahme einer zufälligen Verteilung an. Die Zahl 62 bedeutet, dass die Matrix aus Blöcken erstellt wurde, die mindestens 62% Sequenzidentität haben. Die BLOSUM62-Matrix ist besonders geeignet für das Alignment von evolutionär entfernten Proteinen, da sie die Substitutionen widerspiegelt, die in diesen Proteinen auftreten.