Model Techniken
Coexpression Networks
Bayesian Networks
Boolean networks
ODEs (System of coupled ordinary different equations)
Petri-nets
Stochastische Modelle
Graphical Gaussian model
Genregulations Netzwerke
global transcription factors
Coregulation durch lokale TFs
Gebräuchliche netzwerkmuster, wie Feed-forward Loops, Single input motifs, densely overlapping regulation
Worauf basieren Genregulations Netzwerke?
Auf experimentell abgeleiteten Interaktionen zwischen Genen
wie beeinflusst das expressionslevel von gen 1 gen2?
Diese Interaktionen sind nicht direkt, sondern herbeigeführt durch..?
TFs
Corregulatorische Proteine
Metabolite
Epigenetic
3D Struktur der DNA
Netzwerke sind?
Und können für was genutzt werden?
Einfach zu interpretieren
Können genutzt werden für:
Um Krankheitsgenkandidaten zu priorisieren
Für funktionale gen annotationen (Anmerkungen)
Um regulatorische Gene zu identifizieren
Was sind Bayesian Networks?
gerichteter azyklischer Graph, bei dem variablen durch Abhängigkeitsbeziehungen verbunden sind
Was können Eckpunkte im Bayesian Network darstellen?
Eckpunkte können Zufallsvariablen, beobachtete Messungen, Parameter, Larry-Variablen und Hypothesen darstellen
Problem beim Bayesian Network?
Aufgrund der kombinatorischen Komplexität der Netzwerktopologie erklären viele Netzwerke Daten gleichermaßen gut.
Was sind Boolean Netzwerke?
Gerichtete Graphen mit Scheitelpunkten, die boolesche Variablen darstellt, die die Aktivität von Genen darstellen. Jedem Scheitelpunkt ist eine boolesche Funktion zugeordnet.
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