Warum ist ein Transkriptionsterminator wichtig?
Stoppt Transkription an der richtigen Stelle —> sonst wird ganzes Plasmid zu mRNA
stabilisiert die mRNA
Beschreiben Sie zwei Typen von Transkriptionsterminatoren in Prokaryoten.
Rho-abhängig: (sehr selten)
hexameres Rho-Protein bindet an mRNA bei Terminator -> Ablösung der mRNA vom Template
ATP-abhängig
Trennung der H-Brücken zw. komplementären DNA- & RNA-Strängen
Rho-unabhängig: (häufiger)
symmetrische Sequenz -> hairpin/stem-loop -> Auseinanderfallen von DNA, RNA und Enzym
gelb: Stamm, grün: Loop
Welche Elemente sind bei der Translationinitiation an der RBS wichtig?
Shine-Dalgarno (SD)
Start-Codon
Termination: UAA (E.coli), UGA, UAG
Was muss eine mRNA haben um in das Periplasma transportiert zu werden?
Signalpeptid:
z.b. dsbA/C
wird abgespaltet danach
Nennen Sie Vorteile der Proteinproduktion im Cytoplasma.
hohe Ausbeuten an löslichem Protein
einfache Plasmidkonstrukte
Problem: häufige Bildung von Inclusion Bodies (Aggregation)
PBS verlangsamen —> weniger
Nennen Sie Nachteile der Proteinproduktion im Cytoplasma.
Inclusion Bodies rückfalten —> manchmal aufwendig
reduzierendes Milieu —> keine DSB
Proteolyse wahrscheinlicher
N-Terminus kann heterogen sein (Met wird nicht immer entfernt) —> Problem: Manche können es noch haben, andere nicht
Welche Strategien gibt es zur Verbesserung der Proteinfaltung im Cytoplasma?
Niedrigere Temperatur
Koproduktion von Faltungshelferproteinen
Produktion von Fusionsproteinen (z.B. MBP)
Wachstum unter osmotischem Stress
Protease-defiziente E.Coli Stämme
Mutagenese von Protease Schnittstellen
(3 wissen reicht)
Wie bekommt man die DNA Sequenz eines fertigen GOI (Gene of Interest) für Experimente?
Proteinsequenz in DB -> DNA
Expressionsvektor festlegen
cytoplasmatische: z.B. pET21
periplasmatische: z.B. pASK-IBA
Klonierungsschnittstellen einfügen
z.B. Ndel 5’, HindIII 3’
Gensequenz optimieren
His Tag
5’ und 3’ Primer-Komplemente —> einfache PCR
Gen bestellen
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