Welche Zellzyklusphasen durchläuft die Zelle?
Interphase:
G1-Phase → Zellwachstum, Proteinsynthese Vorbereitung auf DNA-Replikation
! G1-Checkpoint (Restriktionspunkt) (Bedingungen okay? DNA intakt?) → Entscheidung: Zellzyklus vs. G0 (Ruhe)
S-Phase → DNA-Replikation (Chromosomen verdoppelt) → Zentrosom-Replikation → dauer ca. 8h
G2-Phase →Vorbereitung auf Mitose (z. B. Mikrotubuli) → Zelle vergrößert Volumen d. Flüssigkeitseinstrom, → Zellkontakte beginnen sich zu lösen
! G2/M-Checkpoint
Replikation vollständig? DNA-Schäden?)
M-Phase (Mitose)
→ Chromosomen werden auf Tochterzellen verteilt
→ Cytokinese: Zellteilung
! Spindel-Checkpoint (Metaphase/Anaphase)
(Chromosomen korrekt an Spindel angeheftet?)
G0-Phase (optional)
→ Ruhestadium
→ Keine Zellteilung, ggf. Rückkehr in G1 möglich
→ bsp. Nervenzellen o. Epithelzellen
Welche Möglichen DNA Schäden gibt es?
Einfache DNA-Läsionen (nur ein Strang betroffen) → Reparatur: Einfach, da intakter Strang als Vorlage dient
Einzelstrangbruch (SSB)
Basen Modifikation (z. B. Oxidation, Methylierung)
Basen Verlust (Apurin-/Apyrimidinstelle, AP-site)
Beschädigter Zucker (Desoxyribose instabil)
DNA-Protein-Crosslink (einsträngig)
Denaturierte Region (Basenpaarung lokal aufgehoben)
Komplexere DNA-Läsionen (beide Stränge betroffen) → Reparatur: Schwierig, da keine intakte Vorlage
Doppelstrangbruch (DSB)
Interstrand-Crosslinks (koppeln beide Stränge)
Große Deletionen / Chromosomenaberrationen
Was sind Ursachen von DNA Schäden
Endogen (zelluläre Prozesse)
Replikationsstress
(z. B. kollabierende Replikationsgabeln)
Ursachen:
-> Replikation bereits vorhandener Einzelstrangbrüche (SSBs)
-> Replikationsgabel-Kollaps
-> Strukturelle Hindernisse-> durch Dimere, Hairpins, Cross-linking oder R-Loops (RNA:DNA Hybride)
-> Fragile Sites
DNA-Regionen, die schwer zu replizieren sind
sichtbar durch Verlangsamung der Replikation (z. B. mit Aphidicolin)
SSB während Replikation
→ führt zu DSB
V(D)J-Rekombination
(Antikörperdiversität durch gezielte DSB in Immunzellen, die durch NHEJ repariert werden)
Freie Radikale
(z. B. durch Zellatmung)
Topoisomerase-Aktivität
→ gezielte DSB zur Entspannung der DNA → bei fehlfunktion entstehen DSB
Meiose
→ kontrollierte DSBs → fördern Crossing-Over zwischen homologen Chromosomen
Exogen (äußere Einflüsse)
Chemotherapie
→ z. B. Topoisomerase-Inhibitoren (verursachen DSBs bei Replikation)
Ionisierende Strahlung (z. B. CT, Röntgen)
→ erzeugt DSBs direkt durch Energieeintrag oder indirekt über freie Radikale
Radiomarkierte Medikamente
Was sind Ursachen von Replikationsstress
Replikationsstress (z. B. kollabierende Replikationsgabeln)
→ Ursachen:
Replikation bereits vorhandener Einzelstrangbrüche (SSBs)
Replikationsgabel-Kollaps
Strukturelle Hindernisse -> durch Dimere, Hairpins, Cross-linking oder R-Loops (RNA:DNA Hybride)
Fragile Sites
→ DNA-Regionen, die schwer zu replizieren sind
→ sichtbar durch Verlangsamung der Replikation (z. B. mit Aphidicolin)
Was passiert nach einem DSB?
Die Zelle erkennt den Schaden und löst eine Signalkaskade aus:
Schadens-Erkennung:
Sensor-Proteine wie ATM und MRN-Komplex erkennen DSB
Signalweiterleitung: -> Zelle hat verschiedene Möglichkeiten auf DSB zu reagieren:
Zellzyklus-Stopp: Aktivierung von Checkpoint-Proteinen (z. B. p53, Chk1/Chk2)
Apoptose → wenn Schaden zu groß oder irreparabel
Seneszenz → dauerhafter Wachstumsstopp ohne Teilung
Reparatur → bevorzugt bei geringem Schaden → durch HR (homologe Rekombination) oder NHEJ
-> dabei kann Reperatur in 2 Wegen erfolgen:
korrekt: genomische Integrität wird erhalten,
inkorrekt: Krebsentstehung – Karzinogenese, „Tumor-initiierende Zelle“)
Entscheidung über Zellreaktion: Abhängig von:
Anzahl / Schwere der DSBs
Zeitpunkt im Zellzyklus
Zelltyp (z. B. Stammzelle vs. differenzierte Zelle)
Reparaturfähigkeit der Zelle
DSB-Reparatur Mechanismen
SB-Reparatur Mechanismen
Wahl des Reparaturweges abhängig von Zellzyklusphase:
NHEJ (Non-Homologous End Joining) > verbindet stumpfe enden ohne sequenzerhaltung > Zellzyklusunabhängig aber primär aktiv G1-Phase – > Schlüsselproteine: Ku70/Ku80, DNA-PKcs, XRCC4, Lig4
A) Normales NHEJ
Schneles NEHJ
Langsames NEHJ (resektionsabhängiges
RNA mediated NHEJ
B) TMEJ (Polθ-mediated end-joining) auch genannt MMej > benötigt Mikrohomologie (-4Bp) und Resektion,
> vermutl. Zellzyklus-unabhängig
> Fehleranfällig, aber essenziell in HR-defizienten Zellen
HR (Homologe Rekombination) > nur aktiv in S/G2-Phase (benötigt Schwesterchromatid) > 2 Unterformen: eine schnelle, reaktionsunabhängige & eine langsamere, reaktionsabhängige
A) BIR (Break-Induced Replication):
> DNA-Reparaturweg für einseitige DSBs,
> z.B. bei Replikationsgabel-Kollaps oder Telomer-Verlust; > sehr mutagen
B) SDSA (synthesis dependent strand annealing)
> wichtig in mitotischen zellen
> durch entwinden des D-loops wird cross over vermieden
SSA (Single-strand Annealing) > entsteht während Rekombination > erfordert Resektion, benutzt homologe sequenzen > löscht Sequenzen zw. Wdh = mutagen
DSB Reparatur in G1 & G2 (schnell & langsam)
→ es gibt einen schnellen DSB reparatur mechanismus und einen langsamen
- In G1:
Langsamer Weg: NEHJ schneller weg: NEHJ
- In G2: schneller weg: NEHJ
Langsamer weg: HR
Erkennen von DSBs
Hauptweg: ATM-abhängige Erkennung
ATM (Ataxia Telangiectasia Mutated) wird durch MRN rekrutiert und aktiviert
ATM phosphoryliert Histon H2AX an Serin-139 → γH2AX
γH2AX → Bindungsplattform für MDC1 ODER 53BP1
53BP1 → inhibiert resektion = pro NEHJ Faktor → leitet NEHJ ein = führt zu Ku70/80 bindung
MDC1 → rekrutiert weitere ATM (positiver Feedback loop)
→ & rekrutiert MRN = resektionseinleitung = pro HJ Faktor
Alternative: DNA-PK-abhängig (v. a. bei NHEJ)
o DNA-PK (DNA-PKcs + Ku70/80) erkennt DSB-Enden direkt
o Wichtig bei Zellen, die nicht auf ATM angewiesen sind
Was sind Nukleasen und Helicasen?
Wichtige Grundlagen für Resektion:
Nukleasen
Endonukleasen → schneiden innerhalb der DNA
Exonukleasen → entfernen Nukleotide vom Ende der DNA
Helicasen
Funktion: lösen Wasserstoffbrücken zwischen DNA-Strängen → Entwindung der Doppelhelix
Energiequelle: ATP-Hydrolyse
Wichtige HR-Helikasen: BLM, RECQ5, FIGNL1, PARI, FBH1
wirken teilw. als Anti-Rekombinasen → bauen RAD51-Filamente ab = verhindert übermäßige Rekombination
Ablauf Resektion
-> short range:
Rekrutierung MRN Komplex (short-range Resektion)
-> MRN-Komplex: Besteht aus MRE11, RAD50 und NBS1.
MRE11: Endonuklease und Exonuklease, schneidet DNA-Enden.
RAD50: ATPase, hält die DNA-Enden zusammen (Tethering).
NBS1: Adapterprotein, rekrutiert andere Reparaturfaktoren.
Rekrutierung CtlP
-> CtIP: Wird phosphoryliert und dann rekrutiert (z. B. durch CDKs)
= Einleitung der resektion
→ Endonuklease aktivität
CltP Kooperiert mit MRE11
-> schneiden DNA 5’-seitig des DSB
-> Anschließend Exonuklease-Aktivität von MRE11 in Richtung der Bruchstelle.
= Ergebnis: Bildung eines kurzen 3'-ssDNA-Überhangs.
Langreichweitige Endresektion
Zwei alternative Wege zur Verlängerung des 3'-ssDNA-Überhangs:
EXO1 (5' → 3' Exonuklease)
→ verlängert 3′-Überhänge
DNA2 + BLM oder WRN (Helikasen)
→ BLM-Helikase entwindet dsDNA→ DNA2 schneidet ssDNA-Abschnitte ab
= Ergebnis: langer 3'-ssDNA-Überhang
Bindung von RPA an ssDNA
(replacation Protein A)
→ Schutz der ssDNA vor Abbau
-> Verhindert sekundäre Strukturen
-> Bereitet die ssDNA auf die Rad51-Beladung vor
-> bindet immer an ssDNA →daher marker für resektierte DSB
Ablauf der HR Reparatur kurz:
→ Ursprüngliche Sequenz soll erhalten bleiben
-> benötigt homologes Template (z.B. das homologe Chromosom = das zweite Allel, oder in der G2 Phase der Schwesterstrang)
Resektion
RPA wird auf ssDNA geladen
BRCA2 ersetzt RPA durch Rad51 → bildung Rad51 Filament
Homologie Suche & Strang Invasion → formation eines D-loop
Innitierung DNA Synthese
→ zwei mögliche synthesearten führen zur Bildung von:
a. Synthesis dependens strand annealing (SDSA) → Holiday junction
b. Second end capture (SEC) → Double holiday junction
auflösen
→ unterschiedl. Je nach syntheseweg
a. SDSA → Holiday junction → nach synthese bindet neu synthetisierter Strang an das bruchende des 2ten Überhängendes Ende des strangs des DSB → anschließend werden die Lücken aufgefüllt
b. SEC → Double holiday junction → auflösen der dhj durch versch. Wege:
Dissolution -> Ohne crossing over
Resolution -> Mit crossing over (Sister chromatid exchange)
Erkenntnisse aus experimenten: ! HR is nicht relevant in G1, aber dafür umso wichtiger in G2
→ Bindung 53BP1an yH2AX verhindert HR Reparatur -> indem es Bindung von MRN Komplex blockiert
gesamter Ablauf der HR Reparatur:
Ablauf der HR Reparatur:
→ MRN-Komplex (MRE11-RAD50-NBS1) leitet zusammen mit CtlP resektion ein (aber auch BRCA1)
→ MRE11 (=Endonuklease) schneidet das 5'-Ende → 3′-ssDNA-Überhänge entstehen
BRACA2 ersetzt RPA durch Rad51
→ läd Rad51 auf überhängendes (5‘) Ende
→ Formation von Rad51 Filament (dieses kann homologie suche durchführen)
Homologie Suche
→ durch Rad51 Filament
→ Homologe sequenz gefunden?
→ bildung eines D-Loops
= homologer donor strang öffnet sich, bindung an komplementäre sequenz
→ Rad 54 (DNA Heicase) enfernt rad51 von singlestrandet dna
→ sobald die ssdna an das homologe template gebunden hat
-> Kopieren der homologen sequenz vom template strang → zwei mögliche synthesearten führen zur Bildung von:
Synthesis dependens strand annealing (SDSA) → Holiday junction → nur einer der stränge unerliegt der synthese, → der andere wartet → & wird am ende verbunden
Second end capture (SEC) → Double holiday junction → das zweite ende ist in den prozess ebenfalls involviert, → das eine bindet an den einen Strang des D-loops → das andere bindet an den anderen Strang (diplaced strand)
→ zunächst verschieben des D-Loops → unterschiedl. Je nach syntheseweg
SDSA → Holiday junction → nach synthese bindet neu synthetisierter Strang an das bruchende des 2ten Überhängendes Ende des strangs des DSB → anschließend werden die Lücken aufgefüllt
SEC → Double holiday junction → auflösen der dhj durch versch. Wege:
Dissolution
-> Ohne crossing over
Zusammenführen der Holliday junctions → durch BLM
Schneiden der DHJ → eines Stranges → durch TopIII
Resolution
-> Mit crossing over (Sister chromatid exchange) -> Endonucleasen schneiden die DHJ
-> zwei möglichenkeiten wie geschnitten werden kann:
Ein SCE
SCE
außerdem Ablauf:
BRCA vermielter Austausch von RPA zu Rad 51
Bildung Rad51 Filament
Homologie suche & stang invasion
Entfernung RAD 51 Filament
nach resektion tauscht BRCA das RPA durch Rad51 aus:
-> 1 Rad51 bindet an 3 Nukleotide
-> dadurch bildung Rad51 Filament
= es versteift die ssDNA & macht breit für Homologisuche
Homologiesuche
-> Sekundäre Bindungsstelle des Filaments interagiert mit dsDNA (intakte Schwesterchromatide).
-> Ziel: Finde homologe Sequenz im Template-Strang.
Basenpaarung und Stranginvasion
-> Sobald komplementäre Basenpaarung erkannt wird:
-> Stranginvasion = D-Loop-Bildung
-> ssDNA paart sich mit der homologen Sequenz (Template-DNA.) → Watson-Crick-Basenpaarung entsteht
! Ohne Rad51 kann ssDNA nicht effizient nach homologen Sequenzen suchen
-> Verbleib auf der DNA nach Rekombination kann die Replikation behindern & genomische Instabilität fördern
-> deshalb Dissoziation durch Helicase-Proteine
-> Helikasen &Regulatoren zur RAD51-Filam. entfernung:
BLM, RECQ5, FANCM, FANCJ
FBH1, Srs2, Sgs1
FIGL1, PARI
-> Diese wirken anti-rekombinogen, indem sie RAD51 von ssDNA verdrängen.
Lösung Replikationsstress durch replication fork regression
-> Fork regression = HR-ähnliche, präventive Maßnahme,→ um Replikationsstress zu stabilisieren & zu umgehen,→ bevor es zum DSB kommt
→ formation einer Holiday junction/chicken foot
A. Ursache: Replikation wird behindert durch bsp dimer Bildung, crosslink o schaden
B. Neu synthetisierter Strang (rot) entkoppelt sich von originalem Template
C. & bindet an neu synthetiesrten anderen Strang (rot & rot)
→ bilden eine 4way juncion = nennt sich chicken foot = oder auch Holiday junction
D. Lösung des replikationsstress durch verschiedene wege
Migration replikationsgabel kann rückwärts bewegt werden → weg von behinderung
→ dadurch können reparaurproteine zugriff auf diese Selle erhalten & sie reparieren (z. B. Rad51, BRCA1)
Umgehen der behinderung → das längere 5’Ende wird als template benutzt
E. Auflösung der Struktur
-> Durch HR-verwandte Proteine wie:
RAD51 (stabilisiert ssDNA)
SMARCAL1, HLTF, ZRANB3 (Fork regression/remodeling)
BLM, RECQ1 (regression/restart) – Gabel kann:
zurück in normalen Zustand gebracht werden
oder durch BIR / HR reaktiviert werden, falls sie kollabiert
Wie löst sich diese Holliday junction auf?
→ durch resolvase (eine endonuklease)
→ diese schneidet Holliday junction auseinander in 2 Wegen:
Ursprüngliche konfiguration bleibt erhalten
Crossover
BRCA2-defiziente Zellen
-> durch beispielsweise BRACA 2 Knockout -> Eigenschaften:
· Normaler HR reparaturweg gestört, da RAD52 nicht mehr an Einzelstrang gebunden wird
· BRCA2-defiziente Zellen haben deshalb Alternative Reparatur Mechanismen: SSA, TMEJ
· Durch RAD52 oder Polq Inhibition entstehen genotoxische Effekte wie Chromosomenverlust oder mikronukleiverlust = ist letal (RAD52/ Polq Inhibition ist letal für BRCA defiziente Zellen)
-> Alle Tumoren haben immer eine Art HR Defizienz
Ablauf der NHEJ-Reparatur
→ schneller Weg: Einfaches Verknüpfen der DNA-Bruchenden →Keine Sequenz Erhaltung = Keine Homologie-suche, um DNA-Brüche mit homologen Sequenzen aufzufüllen = zusammenfügen, ohne die ursprüngliche Sequenz zu erhalten
→ 2 Arten:
A) schnelles NHEJ →Klassisches c-NHEJ (Resektions-unabhängig)
-> bevorzugt in G1, geht aber in allen zellzyklushasen
DSB entsteht
MRN erkennt DSB
ATM (yH2AX)
53BPI bindet
Ku79/80 → Freie DSB Enden werden gebunden d. Ku-Komplex (=Heterodimer aus Untereinheiten Ku70 & Ku80)
DNA PK bildung → Ku Komplex bildet zsm mit DNA-PKCS (catalytic subunit of DNA protein kinase) ein Trimer (DNA-PK: Dimer + DNAPKCs = Trimer) → schützt die Enden vor Degradation durch Nukleasen
DNA-PK phosphoryliert downstream Reparatur-Faktoren → DNA-PK =Kinase, d.h. sie phosphoryliert & aktiviert sich selbst & andere für die Schadensantwort relevante Zielproteine (z. B. Artemis, XRCC4)
Komplex aus XRCC4/LIG4/Xlf sorgt für direktes verbinden der beiden DNA Enden (bridge the break ends & ligase them)
LIG4 (DNA-Ligase IV) → Führt Ligation (Verknüpfung) der DNA-Stränge durch. → knüpft Phosphodiesterbindung zw. den DNA-Enden unter ATP verbrauch.
XRCC4 (X-ray repair cross-complementing protein 4)
→ Scaffold-Protein (Gerüstprotein) → Fördert die lokale Rekrutierung von LIG4 an DSB. → Schützt LIG4 vor proteolytischem Abbau
XLF (XRCC4-like factor, auch Cernunnos genannt)
→ Bindet an XRCC4 → bildet "Brücke" zwischen DNA-Enden.
→ Unterstützt die Synapsis (räumliche Annäherung) der beiden DNA-Enden
-> Merksatz: Xaver rennt clever, chaotisch 4 blocks. Xenias Lama flieht leider 4 mal
B) langsames NEHJ → Resektions-abhängiges c-NHEJ
-> bei Komplexen nicht-ligierbaren Brüchen
-> als Ersatz bei gestörter HR
MRN
53BPI
Ku70/80
DNA PK bildung
Resektion → initiierung durch CltP → pRPA abhängig
Mre11exo & Exo 1 → funktion?
Artemis
→ Schneidet überhängende enden ab → vermutl. Verhindet es dadurch bildung von foldbacks oder hairpin der DNA
Ligation der Enden– Komplex aus XRCC4 + XLF + Ligase IV
C) RNA mediated NHEJ
→ bereits vorhandene RNA, die die gleiche sequenz entählt wie das stück in dem der DSB ist
→ nur für DSBs die in Genen liegen (denn nur hiervon gibt es RNA)
→ RNA dient dann als Template für DSB reparatur
1. Resekion → pRPA abhängig
SSA (Single-Strand Annealing)
→ Wenn ein DSB zw. 2 direkten Wiederholungen liegt
-> Wenn HR nicht möglich ist (z. B. in Zellen mit BRCA1/2-Defekt oder wenn RAD51 fehlt / blockiert)
-> Wenn klassische c-NHEJ scheitert (DNA-Enden inkompatibel/ stark beschädigt)
->wenn Resektion bereits eingeleitet wurde → Ku70/80 kann nicht mehr binden
-> In später Zellzyklusphase (S/G2) (HR wäre bevorzugt, aber SSA kann übernehmen)
→ SSA führt zu großen Deletionen
Doppelstrangbruch (DSB) → Die DNA ist an einer bestimmten Stelle durchtrennt.
Endresektion (gelber Pacman) → Die Enden werden von 5′ nach 3′ abgebaut, sodass einzelsträngige DNA-Überhänge entstehen.
Homologe Sequenzen werden freigelegt → Die beiden Einzelstränge enthalten nun identische Wiederholungen (blaue Kästchen), z. B. 300 bp Homologie.
Annealing der homologen Sequenzen → Die komplementären Wiederholungen paaren sich direkt miteinander. → RAD52 erkennt ssDNA und vermittelt die Paarung homologer Einzelstränge
Entfernung der überstehenden Enden & Ligation → Die dazwischenliegende DNA (nicht-homolog) wird entfernt, die DNA-Enden werden zusammengefügt.
→ Die ursprüngliche DNA ist verkürzt, aber funktionell wiederhergestellt.
BIR (Break induced replikation)
BIR =bruchinduzierte Replikation
-> Reparaturweg, darauf spezialisiert,
Doppelstrangbrüche (DSBs) zu reparieren, bei denen nur ein Ende der gebrochenen DNA in eine homologe Vorlage eindringen kann.
-> findet ausschließlich in der S/G2-Phase des Zellzyklus statt
-> BIR ist zwar From von HR, hochgradig mutagen & führt ggf zu genomischer Instabilität & Chromosomenumlagerungen
-> Ablauf:
Auslöser:
z. B. Zusammenbruch einer Replikationsgabel
-> Dabei entsteht ein einseitiger DSB → nur ein DNA-Ende ist verfügbar
→ ein Teil des 5‘ DSB Endes wird entfernt, dadurch entsteht langes überhängender 3‘ Ende
Rad 51 Filament
-> um 3‘-Ende der ssDNA
-> Fördert die Homologiesuche in der Schwesterchromatide oder homologen DNA
D-Loop-Bildung:
Das 3’-Ende dringt in die homologe DNA ein → D-loop entsteht
Kein Rückzug wie bei SDSA → D-loop bleibt stabil
DNA polymerase wird rekrutiert
-> Spezielle Untereinheiten wie POLD3 (Teil von Polδ) sind aktiv
→ für BIR werden Polymerasenuntereinheiten verwendet die in der normalen replikation unwichtig sind, aber für den erneuten replikationsstart während BIR relevant sind
-> DNA wird längs der Vorlage synthetisiert (oft über große Abschnitte)
Replikation läuft weiter:
-> Oft bis zum Chromosomenende
-> Zweite DSB-Ende fehlt → keine klassische Rekombinationsstruktur
-> Führt zu hoher Mutationsrate und genomischer Instabilität
-> BIR nutzt nur ein DSB-Ende → keine klassische Holliday Junction-Auflösung nötig
Alt-Ej (Alternatives end joining )
-> Werden aktiviert, wenn klassisches NHEJ (c-NHEJ) nicht funktioniert.
→ verwenden Microhomologien (typ. 2–20 bp)
-> fehleranfällig (führt zu Deletionen oder chromosomalen Umlagerungen)
-> Arten:
MMEJ (Microhomology-mediated end joining)
Braucht Microhomologien auf beiden DSB-Enden
Nutzt CtIP-initiierte Resektion
Wird oft POLθ-unabhängig durchgeführt
Führt zu präziser Annealing, aber deletionsanfälliger Reparatur
TMEJ (Theta-mediated End Joining)
POLθ-abhängiger Reparaturweg
Besonders aktiv in HR-defizienten Zellen
Kann auch mit sehr kurzen oder fehlerhaften Microhomologien arbeiten
Hat eine eigene Polymerase-Aktivität (POLθ) und kann überlappende Stränge annealen
→ Ablauf:
Dsb erkennung durch mrn, dieses rekrutiert
ATM - phowphoryliert yH2AX
MDC1 bindet yH2AX & verstärkt Signal (ATM Rekrutierung)
PARP erkennt DSB (braucht eigtl keinyH2AX) & bindet an DSB
CTLP & MRE11 (starten resektion)
Exo1/DNA2 verlängern 3'überhänge
pol θ startet homologiesuche
Pol θ sorgt für annealing
pol θ füllt dsb lücken auf
letztes lücken auffüllen & ligation durch Xrcc1 & ligase 3 (nicht Ligase IV wie bei c-NHEJ)
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