Buffl

Reparaurmechanismen

KW
von Kim W.

gesamter Ablauf der HR Reparatur:

Ablauf der HR Reparatur:

  1. Resektion

    MRN-Komplex (MRE11-RAD50-NBS1) leitet zusammen mit CtlP resektion ein (aber auch BRCA1)

    MRE11 (=Endonuklease) schneidet das 5'-Ende → 3′-ssDNA-Überhänge entstehen

  2. RPA wird auf ssDNA geladen

  3. BRACA2 ersetzt RPA durch Rad51

    → läd Rad51 auf überhängendes (5‘) Ende

    → Formation von Rad51 Filament (dieses kann homologie suche durchführen)

  4. Homologie Suche

    → durch Rad51 Filament

    Homologe sequenz gefunden?

    → bildung eines D-Loops    

    = homologer donor strang öffnet sich, bindung an komplementäre sequenz

  5. Innitierung DNA Synthese

    Rad 54 (DNA Heicase) enfernt rad51 von singlestrandet dna

    → sobald die ssdna an das homologe template gebunden hat

    -> Kopieren der homologen sequenz vom template strang → zwei mögliche synthesearten führen zur Bildung von:

    • Synthesis dependens strand annealing (SDSA) → Holiday junction → nur einer der stränge unerliegt der synthese, → der andere wartet → & wird am ende verbunden

    • Second end capture (SEC) → Double holiday junction → das zweite ende ist in den prozess ebenfalls involviert, → das eine bindet an den einen Strang des D-loops → das andere bindet an den anderen Strang (diplaced strand)

  6. auflösen

    → zunächst verschieben des D-Loops → unterschiedl. Je nach syntheseweg

    • SDSA → Holiday junction → nach synthese bindet neu synthetisierter Strang an das bruchende des 2ten Überhängendes Ende des strangs des DSB → anschließend werden die Lücken aufgefüllt

    • SEC → Double holiday junction → auflösen der dhj durch  versch. Wege:

      • Dissolution

        -> Ohne crossing over

        1. Zusammenführen der Holliday junctions → durch BLM

        2. Schneiden der DHJ → eines Stranges → durch TopIII

      • Resolution

        -> Mit crossing over (Sister chromatid exchange) -> Endonucleasen schneiden die DHJ

        -> zwei möglichenkeiten wie geschnitten werden kann:

        1. Ein SCE

        2. SCE


Ablauf der NHEJ-Reparatur

→ schneller Weg: Einfaches Verknüpfen der DNA-Bruchenden →Keine Sequenz Erhaltung = Keine Homologie-suche, um DNA-Brüche mit homologen Sequenzen aufzufüllen = zusammenfügen, ohne die ursprüngliche Sequenz zu erhalten

→ 2 Arten:

A) schnelles NHEJ →Klassisches c-NHEJ (Resektions-unabhängig)

-> bevorzugt in G1, geht aber in allen zellzyklushasen

  1. DSB entsteht

  2. MRN erkennt DSB

  3. ATM (yH2AX)

  4. 53BPI bindet

  5. Ku79/80 → Freie DSB Enden werden gebunden d. Ku-Komplex (=Heterodimer aus Untereinheiten Ku70 & Ku80)

  6. DNA PK bildung → Ku Komplex bildet zsm mit DNA-PKCS (catalytic subunit of DNA protein kinase) ein Trimer (DNA-PK: Dimer + DNAPKCs = Trimer) → schützt die Enden vor Degradation durch Nukleasen

  7. DNA-PK phosphoryliert downstream Reparatur-Faktoren → DNA-PK =Kinase, d.h. sie phosphoryliert & aktiviert sich selbst  & andere für die Schadensantwort relevante Zielproteine (z. B. Artemis, XRCC4)

  8. Komplex aus XRCC4/LIG4/Xlf sorgt für direktes verbinden der beiden DNA Enden (bridge the break ends & ligase them)

    • LIG4 (DNA-Ligase IV) → Führt Ligation (Verknüpfung) der DNA-Stränge durch. → knüpft Phosphodiesterbindung zw. den DNA-Enden unter ATP verbrauch.

    • XRCC4 (X-ray repair cross-complementing protein 4)

      → Scaffold-Protein (Gerüstprotein) → Fördert die lokale Rekrutierung von LIG4 an DSB. → Schützt LIG4 vor proteolytischem Abbau

    • XLF (XRCC4-like factor, auch Cernunnos genannt)

      → Bindet an XRCC4 → bildet "Brücke" zwischen DNA-Enden.

      → Unterstützt die Synapsis (räumliche Annäherung) der beiden DNA-Enden

    -> Merksatz: Xaver rennt clever, chaotisch 4 blocks. Xenias Lama flieht leider 4 mal

B) langsames NEHJ → Resektions-abhängiges c-NHEJ  

-> bei Komplexen nicht-ligierbaren Brüchen

-> als Ersatz bei gestörter HR

  1. DSB entsteht

  2. MRN

  3. ATM (yH2AX)

  4. 53BPI

  5. Ku70/80

  6. DNA PK bildung

  7. Resektion → initiierung durch CltP → pRPA abhängig

  8. Mre11exo & Exo 1 → funktion?

  9. Artemis

    → Schneidet überhängende enden ab → vermutl. Verhindet es dadurch bildung von foldbacks oder hairpin der DNA

  10. Ligation der Enden– Komplex aus XRCC4 + XLF + Ligase IV

C) RNA mediated NHEJ

→ bereits vorhandene RNA, die die gleiche sequenz entählt wie das stück in dem der DSB ist

→ nur für DSBs die in Genen liegen (denn nur hiervon gibt es RNA)

→ RNA dient dann als Template für DSB reparatur

1.        Resekion → pRPA abhängig




BIR (Break induced replikation)

BIR =bruchinduzierte Replikation

-> Reparaturweg, darauf spezialisiert,

Doppelstrangbrüche (DSBs) zu reparieren, bei denen nur ein Ende der gebrochenen DNA in eine homologe Vorlage eindringen kann.

-> findet ausschließlich in der S/G2-Phase des Zellzyklus statt

-> BIR ist zwar From von HR, hochgradig mutagen & führt ggf zu genomischer Instabilität & Chromosomenumlagerungen


-> Ablauf:

  1. Auslöser:

    z. B. Zusammenbruch einer Replikationsgabel

    -> Dabei entsteht ein einseitiger DSB → nur ein DNA-Ende ist verfügbar

  2. Resektion

    → ein Teil des 5‘ DSB Endes wird entfernt, dadurch entsteht langes überhängender 3‘ Ende

  3. Rad 51 Filament

    -> um 3‘-Ende der ssDNA

    -> Fördert die Homologiesuche in der Schwesterchromatide oder homologen DNA

  4. D-Loop-Bildung:

    • Das 3’-Ende dringt in die homologe DNA ein → D-loop entsteht

    • Kein Rückzug wie bei SDSA → D-loop bleibt stabil

  5. DNA polymerase wird rekrutiert

    -> Spezielle Untereinheiten wie POLD3 (Teil von Polδ) sind aktiv

    → für BIR werden Polymerasenuntereinheiten verwendet die in der normalen replikation unwichtig sind, aber für den erneuten replikationsstart während BIR relevant sind

    -> DNA wird längs der Vorlage synthetisiert (oft über große Abschnitte)

  6. Replikation läuft weiter:

    -> Oft bis zum Chromosomenende

    -> Zweite DSB-Ende fehlt → keine klassische Rekombinationsstruktur

    -> Führt zu hoher Mutationsrate und genomischer Instabilität

-> BIR nutzt nur ein DSB-Ende → keine klassische Holliday Junction-Auflösung nötig


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Kim W.

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