bio Fragenkatalog D

Initiation:

- Promotorerkennung

- RNA-Polymerase entwindet Doppelhelix, beginnend bei der TATA-Box (10 Basepaare vor zu kodierendem bereich)

- codierender Strang und Templatstrang

- Transkriptionsfaktoren bei Eukaryoten beteiligt

Elongation: —> Hier gibt es die DNA-RNA Doppelhelix

- RNA-Polymerase verknüpft Nukleotide von 5’ nach 3’ (verknüft Ribonukleosidtriphosphate)

Termination:

- Rho-Unabhängig:

GC-Reiche “Hairpin” Struktur entsteht und “hebelt” Polymerase ab

- Rho-Abhänigig:

Rho-Protein (Helikase) bindet an der rut-site (Rho utilisation site) der RNA, streift unter ATP-Verbrauch die einzelsträngige RNA von der DNA ab

GC-Reiche Sequenz, gefolgt von U Reicher Sequenz in der RNA lässt “Hairpin” Struktur entsteht aufgrund vonKomplementarität und “hebelt” Polymerase ab, Transkription wird beendet

Rho-Protein (Helikase) bindet an der rut-site (Rho utilisation site) der RNA, streift unter ATP-Verbrauch die einzelsträngige RNA von der DNA ab und beendet die Transkription

Enzym besteht aus 5 Untereinheiten (2 mal 𝛼, 𝛃, 𝛃’, 𝞼):

• 𝛼: Initiation, Erkennung der DNA

• 𝛃: Initiation und Elongation (Zusammensetzung der Nukleotide, katalytische Wirkung)

• 𝛃’: DNA-Bindung

• 𝞼: Promotorerkennung, entweder 𝞼70 oder 𝞼32

Ein Promotor ist eine DNA Sequenz die von der RNA-Polymerase

während der Initiation erkennt wird.

Ein Promotor ist eine DNA Sequenz die von der RNA-Polymerase

während der Initiation erkennt wird.

Protein, Untereinheit der Polymerase, die bei Hitzestress der Promotorerkennung dient (bei Prokaryoten)

Basensequenz der präRNA von Eukaryoten, welche beim Splicing herausgeschnitten wird (nicht codierender Teil)

-> in DNA codiert, werden transkribiert, aber herausgeschnitten

Basensequenz der präRNA von Eukaryoten, welche beim Splicing mit anderen Exons zusammengesetzt wird (codierender Teil)

-> in DNA codiert, werden transkribiert und zur fertigen mRNA zusammengeführt

Basensequenz auf der DNA welche die Transkription eines bestimmten Gens verstärkt. Kann weit vom Promotor entfernt liegen, werden durch Supercoils in räumliche Nähe gebracht. Aktivatoren binden an Enhancern

“strang aufwärts” in Richtung in 5’-Ende des codierenden Strangs, negative Nummern

“strang abwärts” in Richtung in 3’-Ende des codierenden Strangs, positive Nummern

DNA Strang mit derselben Sequenz wie die transkribierte mRNA. englisch: coding strand

Gegenteil des Templat stranges (template strand)

DNA Strang mit der gegenteiligen Sequenz wie die transkribierte mRNA. Templat für diese. englisch: template strand

Nurbei Eukaryoten, läuft im Zellkern ab, Introns werden

durch Spleißosomen (über 100 Proteine) aus der Prä-RNA herausgeschnitten, sodass nur die Exons übrigbleiben

Guanintriphosphat mit anbindender Methylgruppe wird an das erste Nukleotid der mRNA gehängt (5’-5’ Phosphordiesterbindung)

Direkt nach Transkription, dient dem Schutz vor Abbau

Polyadenylierung, Kette von Adenin-Nukleotiden wird am 3’-Ende der RNA durch die Poly(A)-Polymerase synthetisiert. Erhöht Stabilität und Translatierbarkeit

Funktion: Abbau von Lactose (lacX, lacY, lacZ)

Transkriptionsstärke ist Lactose- und Glucosemengeabhänig

Wenn keine Lactose: Lac-Repressor bindet an Operator

Wenn Lactose: Lactose bindet an Lac-Repressor, Operon kann aktiv werden

Wenn viel Glucose: niedrige cAMP Konzentration, bindet nicht an CAP, Operon inaktiv

Wenn wenig Glucose: hohe cAMP Konzentration, bindet an CAP, Operon aktiv

-> hohe Transkription bei viel Lactose und wenig Glucose

Funktion: Synthese von Tryptophan.

Grundzustand: kein Tryptophan, Repressor inaktiv, Transkription läuft

wenn viel Tryptophan: Bindet an Repressor, aktiviert diesen, keine Traskription

Histon Acetylierung bei Eukaryoten:

Histone erzeugen dicht gewickeltes Chromatin.

Werden sie acetyliert wird die Wicklung loser und die RNA Polymerasen erreichen die DNA

Reprimierbare Operons, zB Trp-Operon:

Grundzustand: kein Endprodukt, Repressor inaktiv, Transkription läuft

wenn viel Endprodukt: Bindet an Repressor, aktiviert diesen, keine Traskription

Bei Eukaryoten :

eine mRNA - ein Protein

1. Capping: RNA-Polymerasen bringen Capping Enzyme mit, “cap" schützt mRNA vor Abbauenzymen am 5’-Ende, 5’-5’-Bindung

2. Splicing: Herausschneiden der Introns, kovalente Verknüpfung der Exons

3. Polyadenylierung am 3’-Ende: Poly-A-Polymerase erzeugt Poly-A-Schwanz (sehr lang), erhöht Translatierbarkeit und bietet Schutz

Benötigen:

• ein Templat: DNA (doppel- oder einzelsträngig; brauchen keine Helikase)

• aktivierte Precursor: Ribonukleosidtriphosphate (ATP, GTP, CTP, UTP)

• ein divalentes Metallion: Mg2+ oder Mn2+

• benötigen keiner Primer

• besitzen keine Proofreading-Eigenschaft (nur Pausierung während der Synthese möglich)

kurzer DNA- Bereich (oft tausende BP von Promotor entfernt), welcher bei Kontakt mit einer Aktivator am Promoter die Transkription verstärkt

Enhancer und Promotor werden durch 3d-Struktur/Faltung der DNA in räumliche Nähe bracht

Histone :

positiv geladone Strukturproteine, die DNA zu Chromatin

aufwickeln

Acetylierung: Abschwächung der positiven Ladung, Wicklung wird loser

Deacetylierung: Verstärkung der positiven Ladung, Wicklung wird enger

Je loser die Wicklung, desto stärker wird transkribiert, da die RNA-Polymerase die DNA besser erreicht