Was ist ein guter Ausgangspunkt für das Protein Design?
Nenne Beispiele?
Wenn ein Protein schon zu einem gewissen Grad über eine katalytische Funktion verfügt und diese vermessen und selektiert werden kann.
Vorige Beispiele ...
• Chorismat Mutase (V6)
– Protein Topologie: Von Dimer auf Monomer
– Verbesserte Reaktionsgeschwindigkeit von E. coli CM: kcat/KM
• 3-Dehydroshikimdehydratase (V6)
– Verbesserte Thermostabilität von heterolog exprimiertem AsbF
guter Ausgangspunkt für Proteindesign:
→ Wenn ein Protein schon zu einem gewissen Grad über eine katalytische Funktion verfügt und diese vermessen und selektiert werden kann.
Was, wenn für das Ausgangsprotein keine Aktivität für die neue Funktion vorhanden ist bzw. diese nicht messbar ist ?
Dann 2 Möglichkeiten:
De Novo Selektionen (angewiesen auf Hochdurchsatz Screening/Selektionssysteme)
→ Beispiele:
• mRNA Display ‒ ATP Bindendes Protein in randomisierte Polypeptidkette (V4)
• Katalytische Antikörper (V5) ‒ Binden eines molekularen Analogs an einen Übergangszustand (V5)
• mRNA Display ‒ Einführen einer RNA Ligase Funktion in ein nicht-katalytisches Bindegerüst (V5)
• Computer-gestütztes De Novo Design ‒ Top7, HA-Binder, Kemp Eliminase (V2)
Protein Engineering nach dem Vorbild der Natur
→ Beispiele
• (Adaptive) Immunantwort (V3)
• Mittels Prinzipien der natürlichen Protein Evolution (V8) (im Niederdurchsatz möglich)
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