Was versteht man unter Primär- bzw. Sekundär-Datenbank?
Primärdatenbank: Sequenzdatenbanken
Sekudundärdatenbanken: Entnehmen aus anderen Datenbanken Infomrationen und sortieren und ergänzen die Indormation nach bestimmten Gesichtspunkten (z.B Enzymdatenbanken)
Erläutern Sie die drei Standbeine der Bioinformatik
Datenbanken
Sequenzanalyse. Durchsuchen der Datenbanken nach bestimmten Strukturphänomenen, Eigenschaften oder Funktion
Strukturbioinformatik: Strukturanalyse der Daten der Sequenzanalyse (erzeugen einer 3D-Struktur)
Welches ist die größte Nukleotid-Datenbank und zu welcher Institution gehört sie?
Die Genbank der NCBI.
Welche Datenbanken sind älter: Nukleotid- oder Protein-Datenbanken und Warum?
Proteinsequenzierung gibt es schon seit Mitte der fünfziger Jahre, während die DNA-Sequenzierung erst Anfang der siebziger Jahre entwickelt wurde. Daher gab es zuerst Proteindatenbanken.
Was versteht man unter Annotation?
Hinzufügen von Daten zu den Primärdaten
Welche Datenbank ist die vom Umfang her größte erschaffene Datenbank?
Die meteorologische Datenbank
Welches sind die drei wichtigsten Nukleotid-Datenbanken?
Genbank
EMBL-Datenbank
DNA Data Bank of Japan
Welche Hauptaufgabe hat die ISNDC?
Die ISNDC sorgt für den täglichen Austausch von Daten zwischen den drei großen amerikanischen, europäischen und japanischen Datenbanken.
Welche Substanzklasse spielt neben den Nucleinsäuren und den Proteinen eine wichtige Rolle in den Datenbanken und warum?
Kohlenhydrate, da sie Informationen speichern
Wichtig dabei ist die Art der Verknüpfung, da sie die Art der 3D Struktur bestimmt
Nennen Sie eine 3D-Struktur-Datenbank
wwPDB
Nennen Sie eine für sich isloierte biologische Datenbank.
Gibt keine, da alle Datenbanken miteinander verknüpft sind
Nennen Sie zwei nicht elektronische Datenbanken aus dem letzten Jahrhundert?
Bücher
Mikrofilme
In welchem Journal werden jährlich biologische Datenbanken aufgelistet?
Nucleic Acids Research
Wie viele biologische Datenbanken gibt es ungefähr?
ca. 380, Tendenz steigend
Nennen Sie drei Methoden wie man von organischen biologisch aktiven Substanzen 3D Strukturen erhalten kann.
Kristallstrukturanalyse
NMR-Spektrometer
Computersimulation
Was versteht man unter “small molecule Datenbanken”?
Speichert Daten zu nicht polymeren Molekülen
Welche Gründe gibt es für Redundanz in Sequenz-Datenbanken?
Genomische Sequenzen (mit Introns)/cDNA/mRNA mit jeweils eigenen Einträgen
bei cDNA/mRNA: Splice Varianten
Sequenzierung durch mehrere Gruppen unabhängig voneinander
Zunächst Teilsequenzen ermittelt, dann später vollständige(re) Sequenzen
Polymorphismen oder Sequenzierfehler
Was ist das FASTA-Format?
Ein textbasiertes Format zur Darstellung und Speicherung der Primärstruktur von Nukleinsäuren und Proteinen in der Bioinformatik. Die Nucleinbasen bzw. Aminosöuren werden durch einen Ein-Buchstaben-Code dargestellt
Was ist Exon und Intron?
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