Was für Enzymdatenbanken gibt es?
ExPASy Enzyme Datenbanj
Enyzmnomenklatur
Reaktionen
ModelSEED Datenbank
Namen
Thermodynamik
BRENDA ((BRaunschweig ENzyme DAtabase)
Große Menge an Informationen
z.B. Daten zu Substraten, Produkten, Cofaktoren etc.,
chemischen Eigenschaften wie z.B. pH-Optimum,
Temperaturstabilität oder KM-Werten.
Was ist die KEGG Pathway datenbank?
KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
Sie besteht seit 1995
Es handelt sich um eine Sammlung von manuell gezeichneten KEGG-Wegkarten.
Experimentelle Kenntnisse über den Stoffwechsel und verschiedene andere Funktionen der Zelle und des Organismus werden dargestellt.
Jede Wegkarte enthält ein Netzwerk molekularer Wechselwirkungen
und Reaktionen.
Karten können nach Spezies selektiert werden.
Von Molekülen im Schnittpunkt von Stoffwechselkreisläufen kann man
in andere Stoffwechselwege gehen.
In welche Unterpunkte ist die KEGG Pathway Datenbank unterteikt?
1. Metabolismus:
Überblick, Kohlenhydrate, Energie, Lipid, Nucleotid,
Aminosäuren, Glycane, Vitamine, chemische Strukturen
2. Genetische Informationsverarbeitung:
Transkription, Translation, Proteinfaltung, DNA-Reparatur
3. Umweltinformationsverarbeitung
Membrantransport, Signaltransduktion
4. Zelluläre Prozesse
Zellwachstum, Zelltod, Bewegung
5. Organische Systeme
Immunsystem, endokrines System
6. Humane Erkrankungen
Krebs, Herzerkrankungen, HIV
7. Medikamentenentwicklung
Antibiotika
Wie sind die Bilder der KEGG zu interpretieren?
Es gibt ein humanes Enzym, welches einen Schritt im Citratcyclus umkehrt und extramitochondrial verläuft.
Es kann durch Bempedoic Acid gehemmt werden, wodurch die Dyslipidemie (erhöhter Cholesterinspiegel) verringert wird.
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