Streptococcus pneumoniae
An welchem Motiv kann man identifizieren, ob ein Protein aus dem Cytosol transportiert wurde?
Signalpeptid
charakteristische N-terminale Signalsequenz, die am N-Terminus meist ein Methionin hat
nach Durchgang durch Membran durch spezifische Signalpeptidase (Sec-Weg) abgespalten => 1. AS an N-Terminus kein Methionin (M, Met) mehr
Welche Struktur muss ein Protein noch haben, damit es exrazellulär in die Membran verankert werden kann?
Sortase-Erkennungsmotiv (LPXTG-Motiv)
spezifische C-terminale Sequenz (LPXTG):
- L: Leucin - P: Prolin - X: Beliebige Aminosäure - T: Threonin - G: Glycin
Sortase-Enzyme (srtC) erkennen LPXTG-Motiv, schneiden es an C-terminalen Sequenz ab u. führen Verankerung an die Zellwand v. S. neumoniae durch
Mit welcher Software kann man Struktur am N-Terminus v. AS näher untersuchen (v.a. auch um Signalpeptide zu untersuchen)?
PSORT:
Vorhersage subzellulären Lokalisierung von Proteinen in Bakterien
SignalP:
Vorhersage v. Signalpeptiden u. Spaltungsstellen in Proteinsequenzen
Unten sehen sie das Ergebnis eines Sequenz Alignments. Welche Methode wurde verwendet und was bedeuten die Linien, 1 Punkt oder 2 Punkte zw. den AS?
Methode: BLAST (Basic Logal Alignment Search Tool)
->Algo zum schnellem Seuqenzdatenbankvergleich
Warum ist in der Bioinformatik keine Vorhersage der 3D-Struktur aus Primärsequenz möglich?
Konformationsvielfalt: Jedes Protein kann potenziell Millionen von Konformationen annehmen (schiere Anzahl der möglichen Faltungswege und Zwischenzustände macht die Berechnung extrem schwierig)
-> Rotation um eine Bindung läuft höchstens 10hoch14 mal/s ab => Zufallssuche nach richtigen Konformation eines 100 AS langen Peptids würde damit 1026 Jahre dauern
Nennen Sie zwei Ansätze, die verfolgt werden, um die 3D-Struktur eines Proteins vorherzusagen
Homologie-Modellierung (Template-basiert)
Annahme, dass Proteine mit ähnlicher AS-Sequenz auch ähnliche 3D-Strukturen haben (zu bereits bekannten, verwandten Proteinstrukturen (Templates))
Software: SWISS-MODEL
ab initio: Faltungsvorhersage
basierend auf physikal. Prinzipien & Primärsequenz ohne jegliches Vorwissen (wie Templates) Struktur/Faltung vorherzusagen
Software: AlphaFold
Was bedeutet Immunopräzipitation?
Nennen sie ein Anwendungsbeispiel
Methode, um ein spez. Protein (AG)aus komplexen Mischung v. Proteinen zu isolieren und identifizieren (Pulldown-Assay) —> nutzt spez. AK, die an Matrix gebunden u. an Zielprotein (AG) binden und es dadurch aus der Lösung "ausfällen" (präzipitieren)
Bsp.: Proteinreinigung (Affinitätschromatographie)
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