27.11

How does a protein’s amino-acid sequence determine its 3-dimensional structure?

Can we predict the structure/function of a protein just by its sequence?

There is too much possibilities for proteins to fold randomly

sequence—>structure—>function

Wie bestimmt die Aminosäuresequenz eines Proteins seine 3-dimensionale Struktur?

Können wir die Struktur/Funktion eines Proteins nur anhand seiner Sequenz vorhersagen?

Es gibt zu viele Möglichkeiten, dass Proteine sich zufällig falten

Sequenz → Struktur → Funktion

-primary sequence

-secondary structure (a/ß/loops)

-tertiary structure (3D)

Amino acid sequences determine the structure of a protein.

—>side chains determine types of amino acids

-Primärstruktur

-Sekundärstruktur (α/β/Schleifen)

-Tertiärstruktur (3D)

Die Aminosäuresequenzen bestimmen die Struktur eines Proteins.

—>Die Seitenketten bestimmen die Arten der Aminosäuren

1) electron microscopy (cryo=higher resolution)

2) crystallography

3) magnetic resonance specrtoscopy

resolution= how accurate is the characterization?

1) Elektronenmikroskopie (cryo = höhere Auflösung)

2) Kristallographie

3) Magnetresonanzspektroskopie

Auflösung = wie genau die Charakterisierung ist?

Dipeptide: 363,8 kj/mol

Disulfide: 251 kj/mol

1. Protein Data Bank (PDB ID)

2. AlphaFold Protein Structure Database (predicted structures)

3. SwissModel

Visualization programs: Chimera, Interpro

—> to check contact to the surface you can display all atomes of a region as a sphere

Protein Data Bank (PDB-ID)

AlphaFold-Proteinstruktur-Datenbank (vorhergesagte Strukturen)

SwissModel

Visualisierungsprogramme: Chimera, Interpro

—> Um den Kontakt zur Oberfläche zu überprüfen, können Sie alle Atome eines Bereichs als Kugel darstellen

-Size and shape

-Charge

-Polarity

-Hydrophobicity

-Aromaticity

-Größe und Form

-Ladung

-Polarität

-Hydrophobie

-Aromatizität

A tool to view, manipulate, and analyze 3D structures of biomolecules such as proteins, nucleic acids, ligands, and complexes

Ein Werkzeug zum Betrachten, Manipulieren und Analysieren von 3D-Strukturen von Biomolekülen wie Proteinen, Nukleinsäuren, Liganden und Komplexen

structural units(~160aa) that share:

-function

-folding

-evolution

—> alignment can result in detecting homologous sequences that would be more difficult to detect using a whole chain sequence

Struktureinheiten (~160 Aminosäuren), die Folgendes gemeinsam haben:

- Funktion

Faltung

- Evolution

—> Ein Alignment kann dazu führen, homologe Sequenzen zu erkennen, die mit einer gesamten Kettensequenz schwerer zu erkennen wären.