• Aktuell viel Fokus auf Meetings, Präsentationen

• zwar schön, weil ich jetzt bisschen -mehr als in meinem vorherigen Job- involviert bin in Assay Etablierung, je nach Fragestellung, Auswertungen, Wissenschaftliche Diskussionen und auch Troubleshooting

• aber bisschen viel am Schreibtisch, bisschen mehr Labor würde ich mir schon wieder wünschen

• und vorallem wieder mehr “Routine” in ““, also im Sinne von eine etablierte Methode durchführen, wo man genau weiß was zu tun ist, und wenn man alles richtig gemacht hat funktioniert die auch

• außerdem habe ich die molekuargenetischen Methoden, wie DNA-Isos oder PCRs echt gerne gemacht, das habe ich jetzt kaum noch

• jetzt mache ich mehr FACS und Zellkultur

  
  

Ich habe Biologie (B.Sc.) von 2013 bis 2017 studiert.

Anschließend habe ich ein Masterstudium begonnen, mich aber bewusst für einen praxisnäheren Weg entschieden.

Seit 2019 arbeite ich als Technische Assistentin.

Meine erste Station war CeGaT, im Bereich nicht-invasiver Pränataltest (NIPT), wo ich in einem automatisierten Workflow gearbeitet habe.

Danach war ich ein Jahr (2020–2021) in einem mikrobiologischen Labor im Allgäu tätig – dort wurden Milchprodukte auf pathogene Keime untersucht.

Zuletzt war ich vier Jahre bei IMGM in München (Jan. 2021–Dez. 2024).

Das war ein molekulargenetisches Dienstleistungslabor mit Fokus auf Projekte für Pharmaunternehmen und Forschungseinrichtungen, teilweise auch im Bereich klinischer Studien.

Meine Schwerpunkte dort waren PCRs, qPCRs, Library Preps für Illumina-Sequenzierungen sowie Probenmanagement.

Das Labor wurde im Zuge einer Umstrukturierung geschlossen.

Seit Januar 2025 arbeite ich in einem Labor für therapeutische Antikörper.

Dort bin ich in der Zellkultur tätig, führe ELISAs und FACS durch sowie molekulares Cloning.

Umweltplanung und Ingenieurökologie,

Technische Universität München,

Standort Freising,

Campus Weihenstephan

Richtung: Umweltanalytik und Vorbereitung auf Gutachtertätigkeiten in Planungsbüros

Ich habe einen Bachelor in Biologie und arbeite seit 2019 als TA, vor allem in der Molekularbiologie. Bei CeGaT war ich im Bereich nicht-invasiver Pränataltests tätig, anschließend ein Jahr in der Mikrobiologie. Danach war ich knapp vier Jahre bei IMGM in München – ein molekulargenetisches Dienstleistungslabor für Pharmakunden und Studien – mit Schwerpunkt auf PCR, qPCR, Library Preps und Probenmanagement. Seit Anfang 2025 arbeite ich im Bereich therapeutische Antikörper, vor allem in der Zellkultur und mit ELISA, FACS und molekularem Cloning.

2013-2017 Bachelor internationale technische und angewandte Biologie in Bremen

Menschen reagieren unterschiedlich auf Medikamente. Der Grund dafür sind oft genetische Unterschiede.

Ein Beispiel: Ein bestimmtes Enzym in der Leber baut Medikamente ab. Wenn jemand eine genetische Variante dieses Enzyms hat:

• baut er das Medikament zu langsam ab → Nebenwirkungen

• baut er es zu schnell ab → keine Wirkung

Ihr habt also untersucht: 👉 Welche genetischen Varianten beeinflussen die Wirkung eines Medikaments?

→ Ziel: Verträglichkeit, Wirksamkeit, Nebenwirkungen besser vorhersagen.

• Bachelor Biologie -> 2013–2017

• Masterstudium begonnen, aber abgebrochen → gemerkt praxisnäher

• Seit 2019 als TA tätig:

  • Zuerst: CeGaT: im Bereich NIPT (nicht-invasiver Pränataltest), automatisierter Workflow

  • 1 Jahr: (2020–2021) mikrobiologisches Labor im Allgäu → Milchprodukten auf pathogene Keime

  • zuletzt (2021–2024) 4 Jahre: IMGM München (molekulargenetisches Dienstleistungslabor) → v.a. projekte für Pharma, Forschung, teilweise auch klinische Studien → PCR, qPCR, Library Preps für Illumina sequenzierungen, Probenmanagement → Labor wurde im Zuge einer Umstrukturierung geschlossen

• Seit 01/2025: Labor für therapeutische Antikörper → Zellkultur, ELISA, FACS, molekulares Cloning

Ganz einfach erklärt:

Jede Zelle hat alle Gene. Aber nicht alle Gene sind gleichzeitig aktiv.

In Tumorzellen sind oft:

• bestimmte Gene überaktiv (hochreguliert)

• andere abgeschaltet (herunterreguliert)

Das hilft zu verstehen:

• Warum wächst der Tumor?

• Welche Signalwege sind aktiv?

• Welche Therapie könnte angreifen?

Ihr habt also gemessen: 👉 Welche Gene sind in Tumorgewebe stärker oder schwächer aktiv als im gesunden Gewebe?

Ziel: Krankheitsmechanismen verstehen, Therapieziele identifizieren.

• vervielfältigung von DNA

• die in Echtzeit gemessen wird

• idR fluoreszenz

🔬 qPCR – Grundprinzip

🧠 Was ist qPCR wirklich?

Normale PCR sagt nur: 👉 „Ist DNA da oder nicht?“

qPCR sagt: 👉 „Wie viel DNA ist da?“

Sie misst Fluoreszenz während der Amplifikation. Je früher das Signal kommt → desto mehr Ausgangs-DNA war da.

Ausgelagerte Abteilung von Medicover: komplexe Projekte in Molekulargentik -> alles was nicht in die Routine passt:

• Molekulargentetisches Dienstleitungslabor, v.a. für kunden aus der Pharmaindustrie und Forschung

• Beispiel: Welche Gene sind in Tumorgewebe hoch- oder herunterreguliert?“ → Ziel: Krankheitsmechanismen verstehen, Therapieziele identifizieren.

• Zum Beispiel ging es darum herauszufinden, welche Gene in Tumorgewebe besonders aktiv sind, um bessere Therapieansätze zu finden. Oder welche Rolle bestimmte Gene bei der Wirkung von Medikamenten spielen.

• GCP (Gute klinische Praxis) klinische studien

  • Testen von Medikamten am Menschen: klinische Studien

  • bertrifft das Labor nicht direkt, v.a. Datenschutz und aufbewahrung von Proben

• GLP (Gute Laborpraxis), Rückstellproben

  • z.B. Tierversuche, Toxizitätstests

    
    

    __________________________________________________

    1. Fragestellungen aus der Pharmakogenetik

    2. Mikrobiomanalysen

    3. Suche nach Biomarkern

       Biodistribution

    4. Genexpressionsanalysen

  
  

  
  

  
  

  
  

  
  

  
  

• DNA/RNA-Absorptionsmessungen: Nanodrop

  • Absorption von Licht bestimmter Wellenlängen

• Fluorometrische Quantifizierung von Nukleinsäuren: die anderen drei

  • Fluoreszenzfarbstoffe die sich in DNA/RNA anlagern und detektiert werden

• molekulargenetischen Dienstleistungslabor

• für Pharma- und Forschungsprojekte

• Analysen im Bereich Pharmakogenetik, Genexpression und Biodistribution

„Gibt es genetische Marker, die mit einer Krankheit oder Therapieansprechung korrelieren?“ → Ziel: Früherkennung, patientenindividuelle Therapie (personalisierte Medizin).

RNA-Seq

• DNA iso

• bei uns in Form der 16S PCR,

• d.h. es geht nur um Bakterien die alle das 16S-rRNA-Gen (ribosomale RNA) tragen

• das haben alle Bakterien, aber jede Art unterscheiden sich die variablen Regionen -> so kann Art identifziert weden

• mit PCR angereichert

• Sequenzen werden mit Datenbanken verglichen

  
  

  -> Bakterienarten in der Probe

🧪 Was machst du technisch?

1. DNA aus Probe isolieren

2. 16S-Gen per PCR vervielfältigen

3. Adapter + Indizes anbauen

4. Sequenzieren (z. B. Illumina)

5. Mit Datenbank vergleichen (SILVA etc.)

Du sequenzierst also nicht alles, sondern nur dieses Marker-Gen.

🎯 Typische Fragestellung

Mikrobiomanalyse:

• Welche Bakterien sind im Darm vorhanden?

• Verändert ein Medikament das Mikrobiom?

• Unterschied zwischen gesunden und kranken Patienten?

• Akzeptanz der Rückkehr des Bibers in Bayern im Spiegel der regionalen Presse

• Literaturrecherche

• 70/80er nach Ausrottung

• Akzeptanz in Ansbach: 200 Zeitungsartikel

• Akzeptanzstufen von 1-5 & Personengruppen

• Dafür: Naturschutzverbände wie der BUND, Grünen und Stadtbewohner

• Dagegen : Fischer, Landwirte, Jäger und geschädigte Privatpersonen

• Entschädigung durch einen Ausgleichsfond des Bayrischen Umweltministeriums

• Vorteil Biber: Erhält das Ökosystem Fließgewässer und Aue, Diversität (Schwarzstorch), Hochwasserschutz

Ganz einfach erklärt:

In jeder Probe (Darm, Haut, Umwelt) leben viele Mikroorganismen.

Ihr habt untersucht: 👉 Welche Mikroorganismen sind da – und in welcher Menge?

Das ist wichtig bei:

• chronisch entzündlichen Darmerkrankungen

• Hauterkrankungen

• Umweltanalysen

• Therapieeffekten

Man schaut also: Ist das mikrobielle Gleichgewicht gestört?

16S

Was ist 16S-rRNA-Sequenzierung?

Die 16S-rRNA-Sequenzierung ist eine spezifische Form der Metagenomik, die sich nur auf Bakterien (und teilweise Archaeen) konzentriert. Dabei wird gezielt ein einziges Gen untersucht: das 16S-rRNA-Gen, das in allen Bakterien vorhanden ist.

Dieses Gen ist ein Teil der ribosomalen RNA und wird deshalb häufig genutzt, weil:

• Es in allen Bakterien vorkommt (konservierte Regionen),

• Aber auch Abschnitte enthält, die sich zwischen Arten unterscheiden (variable Regionen → z. B. V1–V9),

• Und es sich daher sehr gut zur Identifikation von Bakterien eignet.

Wie funktioniert der 16S-Test molekularbiologisch?

1. DNA-Extraktion:

Zunächst wird die gesamte DNA aus einer Probe (z. B. Stuhl, Wasser, Haut) isoliert – wie bei klassischer Metagenomik.

2. PCR-Amplifikation des 16S-rRNA-Gens:

Mit spezifischen Primern wird das 16S-rRNA-Gen (meist ein Teil davon, z. B. die V3–V4-Region) per PCR vervielfältigt.

→ Nur dieser Genabschnitt wird gezielt vervielfältigt – der Rest der DNA wird ignoriert.

Cleanup (z. B. mit magnetischen Beads):

• Entfernt überschüssige Primer, dNTPs und kurze Artefakte.

1. PCR

• Jetzt werden sogenannte Index-Primer verwendet.

• Diese enthalten:

  • Index 1 (i7) und Index 2 (i5) – eindeutige Barcodes für jede Probe.

  • P5 und P7 Sequenzieradapter – nötig für das Cluster-Setup auf dem Illumina-Flowcell.

  
  

  
  

→ Nach dieser PCR sind die Amplicons bereit zum Sequenzieren:

Sie tragen nun eine individuelle Probe-ID + Sequenzieradapter.

3. Sequenzierung (z. B. Illumina MiSeq):

Die PCR-Produkte (Amplicons) werden zu Sequenzierbibliotheken verarbeitet und sequenziert.

4. Bioinformatische Auswertung:

• Die Sequenzen werden mit 16S-Datenbanken (z. B. SILVA, Greengenes) verglichen.

Ganz einfach erklärt:

Wenn man eine Gentherapie oder ein neues Medikament entwickelt, muss man wissen:

👉 Wo im Körper landet es? 👉 Kommt es im Zielorgan an? 👉 Verteilt es sich ungewollt woanders?

Ihr habt also nachgewiesen:

• Ist der Genvektor im Zielgewebe?

• Wie viel davon?

• Bleibt er dort?

absolute qPCR

DNA wird so vorbereitet, dass sie Sequenzierbar wird. Dazu werden Illumina Adapter (passend zu Primern Flowcell) angebaut. Dann kommen noch Indizes dazu um Sequenzierung im Pool zu ermöglichen. Mit meherern Aufreinigungsschritten werden Größenselektion aber auch Entfernung von Sequenzieradaptern, PCR-Primern, dNTP, Enzymen und Pufferverunreinigungen ermöglicht. Es gibt dann noch ein Pooling und eine QC um Cluster optimal auszunutzen.

Sequenzierung (zum Durchlesen)

• Flusszelle mit Primern

• Adaptoren binden

  • durch 3’ und 5’ Primer auf der Flowcell gehen die Fragmente eine Brücke ein. Weil an zwei Seiten auf Platte gebunden

• Durch PCR, entstehen neue Stränge.

• Diese Binden wieder an neue immobilisierte Primer in der Nachbarschaft dadurch entsteht ein Cluster

• Alle Sequenzen eines Clusters liefern das gleiche Signal, dadurch wird die Sequenz genauer

📚 Library Prep – Warum überhaupt?

🧠 Grundidee

Sequenzierer kann nicht einfach nackte DNA lesen.

Du musst:

1. DNA fragmentieren

2. Adapter anbauen (P5 / P7)

3. Indizes hinzufügen

4. Reinigen & Größen selektieren

👉 Du machst DNA „sequenzierbar“.

🎯 Anwendung

• RNA-Seq → Genexpression global

• small RNA → miRNA

• Exom → codierende Bereiche

• 16S → Bakterienidentifikation

🧫 Illumina Sequenzierung

DNA-Fragmente binden an Flowcell. Sie bilden eine Brücke. Werden vervielfältigt. Es entstehen Cluster identischer Sequenzen.

Warum?

Weil ein einzelnes Molekül zu schwach leuchtet. Viele identische zusammen → starkes Signal.

👉 Jeder Cluster = eine ursprüngliche DNA-Sequenz.

Das Gerät liest Base für Base durch Fluoreszenz.

auch mit:

• Taq-Man (mit Sonde)

• SYBR-Green

aber ohne Standardkurve

• es ist ein Vergleich

  • entweder die Genexpression zwischen zwei Proben, behandelt & unbehandelt

    • mit Houskeeping Gen

      • Gen das in alle Zellen vorkommt und unabhägig von der Behandlung immer gleich exprimiert wird. BEsipeil ACTB (ß-Actin), 18S-rRNA

  • oder DNA Menge zwischen 2 Proben

📊 Relative qPCR

🧠 Idee

Du willst nicht die genaue Zahl. Du willst vergleichen:

Probe A vs. Probe B Behandelt vs. unbehandelt

Du normalisierst auf ein Housekeeping-Gen (z. B. ACTB, 18S).

🎯 Anwendung

Genexpressionsanalyse:

• Ist Gen X nach Behandlung stärker exprimiert?

Pharmakogenetik:

• Wird ein Metabolisierungsenzym stärker exprimiert?

Absolut=Anzahl DNA

• in Kopienzahl

• oder [ng]

Standardkurve aus bekannter DNA-Menge

Messung über Fluoreszenz

• SYBR Green

  • bindet unspezifisch an DNA

  • günstiger

• TaqMan

  • Sonde = Farbstoff + Quencher

  • bindet an Zielgen

  📏 Absolute qPCR

  🧠 Idee

  Du willst wissen: Wie viele Kopien sind wirklich da?

  Also brauchst du eine Standardkurve mit bekannter DNA-Menge.

  Dann kannst du sagen: → „Diese Probe enthält 12.000 Kopien.“

  🎯 Anwendung

  Biodistribution:

  • Wie viele Vektor-Kopien sind im Gewebe?

  Mikrobiom:

  • Wie viele bakterielle 16S-Kopien?

Biodistribution

Was bedeutet AA, AG oder GG?

Du hast von jedem Gen 2 Kopien → eine von Mama → eine von Papa

Deshalb stehen da immer 2 Buchstaben.

1. AA oder GG = homozygot → beide gleich

2. AG = heterozygot → unterschiedlich

Du hast zwei spezielle Primer:

• Primer 1 funktioniert nur wenn dort A ist

• Primer 2 funktioniert nur wenn dort G ist

Und jetzt kommt der Trick:

• Der A-Primer leuchtet grün (FAM)

• Der G-Primer leuchtet gelb (HEX)

| Genotyp | Was leuchtet? |

| **AA** | nur FAM (grün) |

| **GG** | nur HEX (gelb) |

| **AG** | beide leuchten |

Wofür braucht man Positivkontrollen?

Du brauchst bekannte Proben:

• eine sichere AA

• eine sichere GG

• eine sichere AG

👉 „so sieht AA im Gerät aus.“👉 „So sieht AG aus.“

Hier bedeutet:

• A = Adenin (DNA-Basen)

• G = Guanin (DNA-Basen)

Aminosäuren kommen erst später beim Protein.

🧠 Mini-Merkhilfe

SNP = 1 Buchstabe anders AA = beide gleich AG = gemischt qPCR = welcher Primer leuchtet?

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• Single Nucleotid Polymorphism

• Mutation in einem einzigen Basenpaar

• wir wollten herausfinden ob eine DNA Probe in einem bestimmten SNP homozygot oder heterozygot ist

  • z.B. AA, GG oder AG

• 2 Allel spezifische Primer

  • einer passt nur wenn A, der andere nur bei G

  
  

  1. Jeder Primer trägt einen unterschiedlichen Fluoreszenz-Marker:

     • z. B. FAM = A

     • HEX = G

     
     

  2. In der qPCR wird amplifiziert – nur der passende Primer funktioniert, je nach SNP.

  3. Die Fluoreszenz-Signale zeigen den Genotyp:

     • Nur FAM-Signal → Homozygot A/A

     • Nur HEX-Signal → Homozygot G/G

     • Beide Signale → Heterozygot A/G

     
     

     
     

     
     

  Rolle der Positivkontrollen:

  
  

  
  

  • Homozygote A/A, G/G und Heterozygot A/G → helfen sicherzustellen, dass dein Assay funktioniert → ermöglichen Zuordnung der Proben zu den richtigen Genotyp-Gruppen

  
  

• Hersteller für spezifische Sonden:

  “SNP Assay Library“ beim Hersteller runter laden

• Positivkontrollen: Homozygot für Allel 1 oder Allel 2 oder heterozygot angeben

• KASP ist nur eine Chemie für SNP qPCRs

🧬 5️⃣ SNP-qPCR / KASP

🧠 Biologisches Prinzip

Ein SNP = Basenaustausch an einer einzigen Stelle. z. B. A statt G.

Du willst wissen:

• AA

• AG

• GG ?

🧪 Technisch

Zwei allele-spezifische Primer:

• einer bindet nur bei A

• einer nur bei G

Jeder hat anderen Fluoreszenzfarbstoff (FAM / HEX).

Signal zeigt Genotyp.

🎯 Anwendung

Pharmakogenetik:

• Hat Patient eine Variante im CYP-Gen?

• Erhöhtes Nebenwirkungsrisiko?

v.a. NEBNext for Illumina

z.B. aktive RNA > RNA-Sequenzing

• NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit

• NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit (mRNA zunächst extrahiert, geht über Poly A Schwänze)

• teilweiße mit NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit (ribosomale RNA ist nicht immer von Interesse generiert aber i.d.R. die meisten Reads,wird diese rausgereinigt, mit Köder-DNA-Oligos)

• NEBNext small RNA Library Prep Kit, mit Gelaufreingung (Gel ohne Farbstoff, wird nach dem Lauf gefärbt). Spezieller Ladder, Bande bei 147bp

• Illumina TruSeq RNA Exome Library (mit geringer Qualität, wie FFPE, sehr aufwändig, mehrere Tage,sehr lange PCRs)

Beschichten Antigen oder Antikörper

Testsubstanz de daran Binden soll, z.B. mit gesuchten Protein oder Antikörper

Am Ende kommt ein markierter AK dazu der eine Farbrekation auslöst -> die wird gemessen

dazwischen Waschschritte, um alles zu entfernen was nicht gebunden hat.

• Probenmanagement

• ISO 17025 (QM-Handbuch)

• GCP (Gute klinische Praxis), bertrifft das Labor nicht direkt

  • Testen von Medikamten am Menschen: klinische Studien

  • schützt die Teilnehmer von klinischen Studien und regelt wie mit derer Daten und Proben umgegangen wird

• GLP (Gute Laborpraxis)

  • z.B. Tierversuche, Toxizitätstests

  • Oder ist eine Substanz schändlich: Zellkulturen und Tierversuche

  • Rückstellproben

  • SOP Standardarbeitsanweißung

  • Nachvollziehbarkeit

  • Probenempfang zurück melden (GCP & GLP)

  • Methodenvalidierung

  • Korrekturen

  • Rohdaten

Entwicklung therapeutischer Antikörper

• Zellkultur

• FACS

• ELISA

• molecular cloning

Proteine nach Größe getrennt (sah immer aus wie ein Gel) und dann mit Antikörpern spezifisch nachgewiesen

v.a. Säulchen/Matrix nach Zelllyse

z.B. DNeasy Blood and Tissue